2020-11-04 一篇线虫的端对端基因组组装的文献

这篇文献可能不是很好理解，现在还没有读完。文献已经存在noteexpress上。

在这篇文章中发现了两个比较好使的工具，记录一下。

1. [AGAT]https://github.com/NBISweden/AGAT
这个工具可以处理gff文件，只有你想得到，没有它做不到。比如，可以填补gff文件中的缺失，统计一些特征，功能统计，提取任何类型的序列，提取属性，合并注释，通过orf的大小过滤基因模型，只保留最长的可变剪接体，创造introns特征，fix cds phases, 管理IDs, UTRs introns, functional annotation,两个注释间的融合拆解，分析两个busco结果的差异，转换gff/gtf/bed 等等等等，这个工具，总的来说，就是太牛逼啦

2. [KinFin]https://kinfin.readme.io/docs/what-is-this-about https://github.com/DRL/kinfin
KinFin是一个工具包，用于通过自定义分类单元分组对聚集的蛋白质进行自动分析：

• 它采用诸如OrthoFinder或OrthoMCL等工具的蛋白质聚类输出，以及功能注释数据（InterProScan的输出）和用户定义的物种分类，以获得丰富的直系同源组聚合注释。
• 它读取标准化的文件格式，这些格式通常是基因组测序和注释项目中产生的。
• 它可以很容易的集成在比较基因组学的项目中，用于在用户定义的、分类感知的上下文中识别感兴趣的蛋白簇。