学习小组Day5------Lisa

啊 _{坚持真的是一件困难的事情（小声抱怨）} 😔😔😔😔😔😔

今天继续学习R——数据结构

划重点：
1、向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
2、表格在R语言中改名叫数据框
3、学会使用帮助文档：?read.table调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。
4、数据类型：
向量（vector）👈重要
矩阵（Matrix）
数组（Array）
数据框（Data frame）👈重要
List
🤭在这些数据类型里，生信学习者最需要熟悉的是向量和数据框

1、向量

向量是由元素组成，那么元素是什么？
😊理解元素，标量，向量
元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：
♥标量：一个元素组成的变量
♥向量：多个元素组成的变量

公众号:生信星球

> getwd()   #查看工作路径
[1] "D:/RStudio"
> x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
> x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
> x
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
> x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
> x
 [1]  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5
[15]  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0
> x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
> x
[1] 1 2 3 1 2 3

新手tips：
如果你把这几行代码都打过了，那么x就被你赋值了4次，结果就是，第一次赋值被第二次的覆盖了，第二次的赋值又被第三次的覆盖了，以此类推，以最后一次为准哦。

2、从向量中提取元素

(1)根据元素的位置提取元素

> x
[1] 1 2 3 1 2 3
> #这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
> x[4] #x第4个元素
[1] 1
> x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
[1] 1 2 3 2 3
> x[2:4]#第2到4个元素
[1] 2 3 1
> x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
[1] 1 2 3
> x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
[1] 1 2

（2）根据值

> x[x==10]#等于10的元素
integer(0)
> x[x<0]
integer(0)
> x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
[1] 1 2 1 2

3、数据框

#先读取你要的数据，注意：读取文件之前要先确定工作路径下是否存在该文件，否则会报错
> X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框，将该示例数据赋值为X
> colnames(X) #查看列名
[1] "X1" "X2"
> rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
[1] "1" "2" "3" "4" "5"
> colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改，那么表格的第一列原本的X1会被bioplanet代替
> View(X)

示例数据
修改后

sep 是函数的形式参数，多数情况下， seq 参数用来指定字符的分隔符号。
不仅用在你所提到的输出，也用在输入，也用在字符串的合并与拆分上。
csv 文件是用逗号分隔的，故而 sep = ","
tsv 文件是用制表符分隔的，故而 sep = "\t"
常用的分隔符还有空格 sep = " "
分隔符是任意的，可根据具体情况指定的。
在输入的时候，原内容是用什么符号分隔的，sep就要保持一致，否则可能无法正确读取。
在输出时虽说分隔符是可以任意指定，但也要遵循一个原则，就是分隔符号不要与待输出内容中的字符有重复。
否则输出后的文件，重新读取的时候该分隔符并不能有效正确分开，可能出错。

• 再来一遍读取，谁让我那么爱豆豆和花花老师呢~~哈哈!🤭
  先来看一下花花老师的示例数据：

  
  huahua.txt

Y<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)
#最后row.names的意思是修改第一列为行名
View(Y)

修改后

4、占有欲使我想要保存或者导出这个表格，怎么做？

（1）变量的保存与重新加载

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

保存结果

(2)导出

write.table(Y,file = "lisa.txt",sep = ",",quote=F)
#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带双引号,这里改为False）

输出文件
双击打开看一眼

来自猪莎的碎碎念：

1、导出文本文件
1）write.table函数语法：
write.table (x, file ="", sep ="", row.names =TRUE, col.names =TRUE, quote =TRUE)
x：需要导出的数据
file：导出的文件命名
sep：分隔符，默认为空格（" "），也就是以空格为分割列
row.names：是否导出行序号，默认为TRUE，也就是导出行序号
col.names：是否导出列名，默认为TRUE，也就是导出列名
quote：字符串是否使用引号表示，默认为TRUE，也就是使用引号表示

2）案列：
先生成一个数据框（生成数据！）

>age <- c (22,23)
> age
[1] 22 23
> name <- c ("ken", "john")
> name
[1] "ken"  "john"
> f <- data.frame (age, name)
> f
  age name
1  22  ken
2  23 john

#再导出数据框数据（导出数据！）
#以空格分隔数据列（默认），含行号（默认），含列名（默认），字符串带引号
write.table (f, file ="f.csv")    
#以逗号分隔数据列，含行号（默认），含列名（默认），字符串带引号
write.table (f,file ="f.csv", sep =",")    
#以逗号分隔数据列，不含行号，含列名（默认），字符串带引号
write.table (f,file ="f.csv", sep =",", row.names = FALSE)    
#以空格分隔数据列，不含行号，不含列名，字符串带引号
write.table (f,file ="f.csv", row.names = FALSE, col.names =FALSE)    
#以空格分隔数据列，不含行号，不含列名，字符串不带引号
write.table (f,file ="f.csv", row.names = FALSE, col.names =FALSE, quote =FALSE) 

5、提取元素

超级重要哦~

- X[x,y]  #第x行第y列
- X[x,]   #第x行
- X[,y]  #第y列
- X[y]  #也是第y列
- X[a:b]  #第a列到第b列
- X[c(a,b)]  #第a列和第b列
- X$列名
#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

6、直接使用数据框中的变量

a <-data.frame(case=paste("S",1:50),values=runif(50))
plot(a$case,a$values)

#偷懒方法：
attach(a)  #将a放入一个小环境中，后面在使用a中的元素时可以不需要重复写a数据框的名字
plot(case,values)  
detach(a)   #将a从小环境中删除
#局限性：做完后将a删除出搜索环境 detach（a）
#两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错


with(a,{    #with常用于数据框，使R表达式位于数据框的作用环境中，便于对数据框变量的引用
  plot(case,values)
  x<<-summary(values)   })
#求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了大括号仍有效。
#运行完后打印x


#课后小问题：
save(X,file="test.RData")   #这句代码如果报错X not found，是为什么，应该怎么解决？
#报错是因为之前没有将想要保存的数据框赋值给X

最终结果

😔啊_{今天的任务终于完成}
总结一下吧（比较佛系的思维导图）

数据类型
Fighting~~~~~~~~💪💪💪💪💪💪💪💪💪💪💪💪💪💪💪💪💪💪