R plotbioinformatics试读

神奇的R包~spiralize~将常规的矩形图画成螺旋形

2022-01-20  本文已影响0人  小明的数据分析笔记本

偶然间发现了下面这个图的代码和数据


image.png

这个图的代码和数据的链接 https://github.com/nrennie/tidytuesday/blob/main/2021/07-12-2021/07122021.R,大家如果感兴趣可以自己重复一下这个代码,这个链接如果大不开的话,我把代码和数据下载下来了,在公众号后台直接回复20220119获取

这个图将常规的水平的柱形图改成了螺旋形的,首先形式比较新颖,另外如果数据比较多,常规的水平柱形图柱子就会比较窄,看起来不好看,可以采用这个螺旋形的形式。

查看这个代码,实现用到的是spiralize

这个R包对应的论文是

spiralize: an R package for visualizing data on spirals

对应的github主页是 https://github.com/jokergoo/spiralize

安装这个包并查看帮助文档

install.packages("spiralize")
help(package="spiralize")
image.png

https://jokergoo.github.io/spiralize_vignettes/spiralize.html

这个R包的作者是 Zuguang Gu,大名鼎鼎的R包circlize,ComplexHeatmap的作者,绝对的大佬级别了。

这个包的帮助文档里有一个 image.png

https://jokergoo.github.io/spiralize_vignettes/examples.html

这个里有很多很惊艳的图。大家可以打开这个链接看看

其中还有一个功能是对进化树进行展示

image.png

这种形式对于数据量特别大,采用常规的圆形树形图文字标签会重叠以致于看不清楚的情况应该是一个比较好的解决办法。

看了下这个图的代码,暂时还不知道如何添加文字标签,等我研究研究再来介绍。

还有一个很有用的应用是可视化序列比对的结果,比如这个图


image.png

这个序列两两比对的结果如果采用常规的矩形就会很长,只能画成好多行。这种螺旋形看起来就美观很多。这里有一个疑问就是不知道能不能同时话很多条序列。有时间的话仔细研究研究这个R包的代码。

这个R包的作者也有公众号,他的公众号是 方圆之处,大家可以关注一下

好了,今天的推文内容就介绍这么多

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