用R进行microarray分析（3）

寻找表达差异基因

library(multtest)
library(signees)
expressionmas5<-mas5(a)
expressionrma<-rma(a)
cl<-rep(c(0,1),c(3,3))#样本分为2类，各有3个
sub<-exprs(x[,c(1:6)])#选取所有样本/部分样本
gn<-geneNames(a)
sam.out<-sam(sub,cl,rand=123,gene.names=gn)#使用SAM方法进行基因表达差异分析
sum.sam.out<-summary(sam.out,2)#筛选delta=2
#查看差异表达的基因名称
list.siggenes(sam.out,2)
siggn<-names(sum.sam.out@row.sig.genes)
library(pheatmap)
pheatmap(sub[siggn,],fontsize=5,fontsize_row = 3,cellwidth = 12,cellheight = 3,color = colorRampPalette(c('navy','white','firebrick3'))(50))

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