LIBRARY(ORG.HS.EG.DB)

人共有多少个entrez id的基因呢？

x <- org.Hs.egENSEMBLTRANS# is an R object that contains mappings between Entrez Gene identifiers and Ensembl transcript accession numbers.

mapped_genes <- mappedkeys(x)# Get the entrez gene IDs that are mapped to an Ensembl ID

xx <- as.list(x[mapped_genes])# Convert to a list

可知共有60118个基因都是有entrez ID号的 可见共有8005个基因都是有转录本的

2、能对应ensembl的gene ID的基因有多少个呢？

x <- org.Hs.egENSEMBL# is an R object that contains mappings between Entrez Gene identifiers and Ensembl gene accession numbers.

mapped_genes <- mappedkeys(x)#Get the entrez gene IDs that are mapped to an Ensembl ID

xx <- as.list(x[mapped_genes])# Convert to a list

可见共有26023个基因是有ensembl的geneid的

3、那么基因对应的转录本分布情况如何呢？

table(unlist(lapply(xx,length)))

可以看出绝大部分的基因都是20个转录本一下的，但也有极个别基因居然有高达两百个转录本，很可怕！

4、那么基因在染色体的分布情况如何呢？

x <- org.Hs.egCHR#is an R object that provides mappings between entrez gene identifiers and the chromosome that contains the gene of interest

mapped_genes <- mappedkeys(x)# Get the entrez gene identifiers that are mapped to a chromosome

xx <- as.list(x[mapped_genes])#Convert to a list

有176个基因没有染色体定位信息

barplot(y)

5、那么有多多少基因是有GO注释的呢？

x <- org.Hs.egGO

mapped_genes <- mappedkeys(x)# Get the entrez gene identifiers that are mapped to a GO ID

xx <- as.list(x[mapped_genes])# Convert to a list

可以看到只有19307个基因是有GO注释信息的