服务器终于给开通外网连接功能了，先下载Conda，用来解决我最近安装软件的问题，之前在医院工作时安装的Conda，在卸载时遇见了问题，污染了我的conda环境(也有可能是磁盘扇区出了问题，卸载不久前出现了存储爆了的情况)，导致后来我在安装Conda时，总是报错不断，用root权限都删不干净，就一直没能使用，这也是我记录我所有操作过程的的主要目的之一，通过记录我的安装使用过程，有问题时也好和老师进行复盘。为了不出现在医院工作时那种灾难性的工作错误，这一次安装Conda，每一步都小小心翼翼，每一步在运行前都是查了又查不同的学习材料，又和课题组生信大咖姬老师进行了学习，这篇文章，可谓良心之作。

一、Conda下载及安装

        Conda的介绍太多了，简单来说Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系。首先是官网下载地址：

        我下载的Python3.8的，最新版本安装时容易出问题，建议不要追新。

        chmod 775 Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh

        sh Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh

        在安装过程中，需要按回车键（Enter）来阅读并确认同意miniconda的服务条款，该过程中还要手动输入“yes”，明确表示同意该条款之后，miniconda才能正式进入安装过程，如下图：

        Miniconda3的默认安装路径是“/home/<username>/miniconda3”。这里的<username>表示用户名，不同的Linux用户名，安装路径稍有不同,我本想安装到我目录software目录下，结果没注意到这点，还是安到了我的用户名下。

        在安装尾声，程序会询问是否通过conda来初始化miniconda3”，实际上就是将Anaconda的环境变量导入到PATH中，输入“yes”。这样一来，以后就可以直接在终端使用诸如ipython、spyder等命令了（这些好用的命令，均来自conda环境）。

        最后，当屏幕输出“Thank you for installing Miniconda3!”字样时，就表明Miniconda3安装完毕了。

        再次重启终端以后，你会发现每次打开终端默认都会自动进入到miniconda的base环境中，这样会拖慢终端运行的速度，而且有可能干扰到其它软件的安装。要退出的话，必须每次打开终端以后先执行conda deactivate命令，麻烦。执行以下命令，即可以解决终端每次打开都进入conda的base环境的问题：

conda config --set auto_activate_base false

二、Conda配置镜像

默认的源访问速度有些慢，可以增加国内的源；另外还可以增加几个源，以便于安装更多的软件，尤其是bioconda安装生信类工具。

1、先生成 ~/.condarc配置文件

conda config --setshow_channel_urls yes

2、添加清华镜像，下面网址是清华官方提供的说明，进入网站后，按照官网(下图)编辑~/.condarc这个配置文件的内容：

https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

3、运行 conda clean -i清除索引缓存，保证用的是镜像站提供的索引。

3、查看镜像：

conda config --show channels

4、修改为清华镜像其它镜像相关知识

1、恢复默认镜像：

conda config--remove-key channels

2、增加一条镜像：

conda config --addchannels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

三、conda安装软件：

1、Conda的一些小命令，如下图：

2、创建独立虚拟环境:

不能将需要用的软件或者其他要用的东西装在base环境中；

创建一些独立的环境会比较方便我们做项目管理；

建议： base环境中不要安装任何的包，保持干净，除非你知道这个包会对原生的环境造成什么样的影响.

尽量用conda安装不同功能的软件各个env，免得它污染环境变量，使用某些软件，就激活某些env。

conda create -n genomescope2  #创建genomescope2小环境；

conda create -ndatabase python=3.7.3  #指定环境中需要带的python的版本;

需要注意两点：

=的前后不要有空格，否则命令无法被正常解析;

不输入python版本号，虚拟环境也能新建成功，但是没有python解释器，不能直接使用！

查看小环境并激活，如下图：

3、搜索哪些软件可以用conda下载

网站查询:

https://anaconda.org/searchhttps://bioconda.github.io/

关键词搜索:

       conda search XXX

4．Conda安装GenomeScope2:

然后安装genoemescope2，这个时候就会安装在小环境中：

安装成功。

四、Conda其它命令：

1、指定安装软件的版本（以fastqc为例）

在不指定版本的情况下，conda默认安装该软件的最新版，如果要安装旧的版本方法：

先看看有哪些可以安装的版本conda search fastqc

安装指定版本的软件

conda install fastqc=0.11.7

2、查看conda中已经安装的软件

conda list     #查看当前环境下用conda安装的软件

conda list fast*   # 查看符合正则表达式的软件

conda list -n base    # 查看指定环境下用conda安装的软件

3、删除软件

conda remove fastqc   # 删除该环境中的软件

conda remove -n rnaseq fastqc   # 删除指定环境下的软件

4、升级软件

conda update fastqc  #升级指定的软件

conda update conda    #升级conda本身

补充：

conda可以一次安装多个软件包；

有时候只要软件比如说我们的conda不影响我们的使用就不需要去管；

指定下载该软件的旧版本就可以完成该软件的降级。

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