R—Pathway气泡图

这是我正儿八经用R做的第二个图，第一个是MA-plot。

打开R-studio，输入代码

setwd("F:/")   【读取F盘文件】

library(ggplot2) 【加载库】

library(RColorBrewer)【这个是我习惯性加载的库】

data<-read.table("kegg511vs509.txt", header = T,sep = "\t")【读取文件】

data

p<-ggplot(data, aes(x = padj, y = KEGGID, size = Count)) +geom_point(shape = 16,color = -log10(padj)) + ggtitle("KEGG pathway enrichment") 【建立坐标，并画图】

p2<-p+ geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(padj)))

p2

p3 = p2 +scale_color_gradient(low="green",high = "red")

p3

 报错分析：Error: unexpected symbol in: "setwd("f:\")

setwd("f"

这种错误，会在下一行代码前显示+号，是上一行代码里面有错误。

检查。