100篇泛癌研究文献解读之可变剪切事件大起底

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
文章发表于 2014 Dec 4. doi: 10.4137/CIN.S19435， 到现在引用才6次，可以说是泛癌研究的一朵奇葩！题目是：A Pan-Cancer Analysis of Alternative Splicing Events Reveals Novel Tumor-Associated Splice Variants of Matriptase 文章的中心并不突出，研究团队开发了自己的可变剪切分析流程并且也下载了TCGA的RNA-seq测序数据进行处理，但是即没有提供分析结果，其流程也无法重现，得到的分析结果也没有太多的生物学意义阐述。

文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

关于可变剪切

可变剪切是基因转录时，通过组合不同的外显子，形成不同转录本的过程，在生命的信息传递过程中发挥着重要的作用。超过90%人类基因要通过可变剪切产生转录本，其中60%的剪切变体会编码出不同的蛋白质异构体。

本研究的重点是开发了一个可变剪切分析流程，并且应用到了TCGA数据库的fastq测序数据。但是没有提供其流程源代码，也没有提供可变剪切分析结果，只是列出了自己的结论。而且关注点是：Matriptase (MT-SP1, TADG-15, epithin, ST14) was first described in 1993 as a new gelatinolytic activity in cultured breast cancer cells

数据分析流程

作者非常详尽的描述了其实验流程，可惜没有打包为docker镜像或者pipeline，不方便复现这个分析。

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关于数据库挖掘

有很多类似的TCGA数据库挖掘文章，比如 4.416Front Oncol. 2018 Nov 2, Genome-Wide Profiling of Prognostic Alternative Splicing Signature in Colorectal Cancer. 深入分析了与结肠癌预后相关的关键可变剪切事件！

SplicSeq软件可以拿到7种可变剪切形式信息：

• 可变受体位点(AA)
• 可变供体位点(AD)
• 可变启动子(AP)
• 可变终止子(AT)
• 内含子保留(RI)
• 外显子跳跃(ES)
• 外显子互斥(ME)

其它类似文章：Alternative splicing events implicated in carcinogenesis and prognosis of colorectal cancer【Journal of cancer；2018.04；IF3.249】

关于实验文章

比如邵志敏教授的题为“PHF5A Epigenetically Inhibits Apoptosis to Promote Breast Cancer Progression.”利用CRISPR-Cas9文库技术对RNA结合蛋白进行系统性功能筛选，发现了乳腺癌生存依赖的的剪切因子PHF5A ，TCGA、METABRIC、KMplot以及本中心的研究队列显示，PHF5A在乳腺癌组织中普遍存在高表达，并且其高表达指示着较差的预后。生物学功能上，PHF5A缺失会导致癌细胞增殖、迁移和成瘤能力显著受损。

我们就可以在TCGA数据库里面验证。

后记

可变剪切算是TCGA数据库挖掘领域一个比较小众的分支，还有circRNA数据库的circRNA也是类似的分析策略：

18. circRNA学习专题 - circBase 数据库最新信息详解

19. circRNA学习专题 - 癌症特异性数据库 CSCD 使用说明

20. circRNA学习专题 - 人类circRNA数据库 circBank 比较分析

21. circRNA学习专题 - MiOncoCirc：一个值得关注的肿瘤信息网站

22. circRNA学习专题 - circAtlas脊椎动物表达数据库

本文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html