如何获取kegg通路的基因列表

如何获取kegg通路的基因列表？相信很多人都有这个疑惑。

哪些时候需要知道通路的基因列表？举两个例子：

• 在找差异基因这一步，只想针对特定通路的基因去找。可以在找完差异基因后，和通路的基因列表取个交集。
• 单细胞分析中，经常会用到基因集打分，除了看文献收集，基因集还能怎么找？可以根据kegg等数据库去找。

今天介绍的这种方法，非常简单，就几行代码：

# BiocManager::install("KEGGREST")
# BiocManager::install("EnrichmentBrowser")
library("KEGGREST")
library("EnrichmentBrowser") #这个包里面的一些函数会调用KEGGREST里面的函数


### download the pathways
hsapathway <- downloadPathways("hsa") #只有在第一次运行这句代码时，耗时较长

### retrieve gene sets
hsa <- getGenesets(org = "hsa", db = "kegg", gene.id.type = "SYMBOL",cache = TRUE, return.type="list") ##只有在第一次运行这句代码时，耗时较长

writeGMT(hsa, gmt.file = "20230205_kegg_hsa.gmt")

之后就能得到gmt格式的基因列表了。

image

gmt格式也可以很容易地转换为我们熟悉的数据框格式，方便我们做别的分析。

keggdf=clusterProfiler::read.gmt("20230205_kegg_hsa.gmt")
head(keggdf)

image

代码很简单，应该很容易实现。

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