基因家族鉴定---合并候选集

无论是bitacora、hmmer还是blastp得到的候选集可能都有所不同，所以鉴定完整后取并集较好。

我的做法是导出每一个候选集的ID名

代码为seqkit的

seqkit fx2table xxx.fasta -n -i  >out.fa

把每个候选集的id黏贴到Excel中，筛选重复值删除即是并集

然后借助Tbtools根据id在目标物种的蛋白文件中搜索蛋白序列

人工矫正结构注释

对于结构域不完整的（partial），或者length明显过长的（可能是2-3个基因合到一起了），需要手动进行基因结构注释的矫正。

根据GFF文件，找到该基因所在基因组上的位置

根据位置提取基因组上下游序列（看序列长度，如+-3000bp）

将序列blastx NR数据库，根据比对结果，比着序列翻译的3种读码框，寻找GT...AG内含子

同时可以用基因结构预测网站辅助

作者：山竹山竹px

链接：https://www.jianshu.com/p/7ff2cc1ba5ad

来源：简书

著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。