明晰概念

• 基因是染色体上一段可以发生转录的区域
• 基因≠CDS
• 基因应该包括：CDS 内含子 UTR 启动子
• 可转录的区域是多变的
• 我们做分析的时候常用的是蛋白序列，而蛋白序列是某个转录本翻译而来的
• 蛋白序列≠某个基因的序列
  蛋白序列＝某个转录本翻译过来的蛋白质
• 而这个转录本对应的是染色体上一段可转录的序列——基因
• 而这段序列可以转录各种不同的转录本
• 我们常常说克隆了AA基因BB基因，所指的其实是这个基因的某个转录本（主要转录本primary transcript），而不是真实的这段基因的序列
• 转录本才是基因的研究实体

基因家族是什么

官方定义

• 来源同一祖先
• 由一个基因通过基因重复得到两个或更多拷贝构成的一组基因
• 结构和功能具有明显相似性
• 编码相似的蛋白质
• 可能形成基因簇或在染色体上的不同位置

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从序列相似度看

• 高度相似的序列就互为同源基因，即归属为同一个基因家族（即拷贝数一定大于1）

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从结构域上看

• 具有一个或几个保守结构域/功能域的序列，就为某个基因家族的序列（特征）
  ？mid/midlite
• caution：等位基因不能算是基因家族，做研究时注意（二倍体）

做基因家族的意义

基因家族涉及的内容

鉴定

基本分析

进化分析