复现Nature子刊图表：气泡图展示相互关系

今天做的是一副《nature microbiology》的气泡图，图比较简单，但是展示的内容可以是各种，我暂时想的是---（1）可以用这个气泡图展示两组变量的相关系数，相关性，气泡大小表示相关大小。（2）基因或者蛋白之间的互作，点的大小代表互作的强弱。（3）受配体关系的展示。可能还是有更多的用处，发挥自己的想象，总有用武之地。

文章图片如下：

image.png

（Reference：Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish）

就直接作图吧，比较简单，之前我们做过很多气泡图，这个也不是难事！

setwd("E:/生物信息学/互作点图")
A <- read.csv("相互点图.csv", header = T,row.names = 1)
library(forcats)
A$B <- as.factor(A$B)
A$B <- fct_inorder(A$B)

library(ggplot2)
ggplot(A,aes(x=B,y= A,color=A)) + 
  geom_point(aes(size=Value)) +
  scale_size(rang = c(0,10)) +
  scale_x_discrete(position = "bottom" ,expand=c(0.2,0))+
  labs(x=NULL,y=NULL)+
  theme_bw()+
  theme(axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
        panel.border = element_blank(),
        axis.text =element_text(size = 12, color = "black"),
        axis.ticks = element_blank())+
  scale_colour_manual(name ="other", values =c('#efb306',
                                               '#eb990c',
                                               '#e8351e',
                                               '#cd023d',
                                               '#852f88',
                                               '#4e54ac',
                                               '#0f8096'))+
  guides(color=F)

image.png

复现就结束了，还是可以！示例数据及注释代码会上传群文件，更多内容请至公众号《KS科研分享与服务》！