转录组分析3——认识SAM文件和BAM文件
2020-05-01 本文已影响0人
猪莎爱学习
1.SAM文件
SAM全称：sequence alignment/map format。
BAM是SAM的二进制文件(B源自binary)。
SAM/BAM文件构成：
标头注释部分（header section）
比对结果部分（alignment section）
2.SAM/BAM格式
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比对结果部分（alignment section）
• 1.每一行表示一个read的比对信息。
• 2.每行包括11个必须字段和1个可选字段，字段之间用制表符分割。
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计算FLAG值的网站：
https://www.samformat.info/sam-format-flag
FLAG详解 http://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html
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还有一个是CIGAR的解释（第6列）
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👆分割线
下面是SAMtools的介绍：是SAM文件和BAM文件专用的工具集
http://www.htslib.org/doc/samtools.html
https://www.jianshu.com/p/240bffd7cf00
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子命令
samtools flagstat命令：对BAM文件结果进行统计
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统计结果
用flagstat检查比对失败reads
总共有53566比对成功
