Rscript——Linux下运行R脚本
2021-10-19 本文已影响0人
Wei_Sun
之前R都是在Windows运行比较多，Rstudio基本满足数据分析和绘图需求。但是这次通过R进行WGCNA，基因数目比较多Windows带不动，所以转战Linux。学校的大型机是不允许login直接跑计算的，而bsub如何提交R作业？
方法一：R CMD BATCH
格式：R CMD BATCH [options] [infile] [outfile]
- [options] ：
--help 查看帮助信息
--version 查看R版本
--slave 只打印R脚本的输出，而不显示脚本具体执行情况
--no-timing 去除输出文档结束的运行时间输出
默认--restore -- save --no-readline - [infile] ：输入R脚本文件
- [outfile]：如果没有命名，会照搬infile名字+ .Rout
在linux下，因为BATCH指令的权限问题，将会导致非root权限无法调用此条指令。这时使用方法三Rscript file代替即可。
方法二：R
格式：R [options] [< infile] [> outfile]
- [options] ：
--help 查看帮助信息
--version 查看R版本
--slave 只打印R脚本的输出，而不显示脚本具体执行情况
--vanilla是 --no-save, --no-restore, --no-site-file, --no-init-file and --no-environ的合体
--args，这个就是传递给.R文件的参数，在脚本中调用这个参数需要用到commandArgs()这个函数。
注意：options必须选择--save，--no-save, --vanilla三个中的一个。
示例：
# R脚本 test.R
args <- commandArgs(TRUE)
paste(c("I", "like", args[1], "and", args[2], "!"), collapse = " ")
运行：
$ R --slave --vanilla --args tea coffee<test.R >testR.Rout
#tea和coffee是传递的参数
查看输出结果：
$ cat testR.Rout
WARNING: ignoring environment value of R_HOME
[1] "I like tea and coffee !"
方法三：Rscript
格式：Rscript [--options] [-e expr] file [args] [> outfile]
- [-- options] ：
默认--slave --no-restore
其他选项与方法二中类似 - [- e expr] ：可以通过expr输入R的表达式。这个我不是很理解，想明白了再来补充
- file ：输入脚本文件名
- [args] ：与方法二中一致
- [> outfile] ：输出文件名
示例：
# R脚本 Rscript.R
x<-sample(1:10,3)
print(x)
# 运行 （login运行）
$ Rscript Rscript.R >Rscript.out
# 运行 （bsub）
$ bsub -n 32 Rscript Rscript.R >Rscript.out
# 查看结果
$ cat Rscript.out
WARNING: ignoring environment value of R_HOME
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参考资料：
https://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2013/01/08/2851480.html
http://www.360doc.com/content/11/1201/22/5013584_169013651.shtml
