生信必修课之软件安装

这是我第一个收费视频课程，面向初学者，由于收费，所以制作不敢怠慢，看到大家的好评后，我才心安。课程的购买地址为: 生信必修课之软件安装

一开始我以为很少有人会像我这样，在一个没有任何生信基础的实验室搭建生物信息学分析平台。但是，我慢慢发现其实是有很多人像我这样子，希望学点生信，从生物这个坑慢慢往外爬。

好消息是这几年来有大量的资料涌现出来，既有文字也有视频，所以你根本不愁没有资料这件事情，坏消息是大部分资料都不会从零给你讲起，所以很多人直接在软件安装这一步就走不动了。一部分原因可以归结为初学者没有Linux基础，一部分原因是缺少一个合格的管理员帮你安装软件，还有一部分原因是教程作者虽然写了如何安装软件，但是都是默认你是有最高权限，而大部分人都只有服务器的普通使用权限，所以一出现问题就不知道如何解决。

作为一个从零开始学生信的过来人，一开始又使用着一台无人管理的服务器，所以在安装软件上我花了大量的时间，踩了各种奇奇怪怪的坑，所谓“久病成良医”，我在安装软件有着不一样的心得，写了很多教程记录我的经验，但是都很零散。突然有一天，我想要不系统性做一个视频吧，这样子如果实验室里来了一个人新人，我就可以把这个视频丢给他让他自学，同时还可以帮助大部分苦苦挣扎的初学者。

很高兴，我的第一个作品终于能够和大家见面了，它是国内首个为生信初学者准备的Linux软件安装的课程，系统性教初学者如何解决软件安装这一个看似容易的问题。

没想到，我居然在它上面花了那么久的时间。

一开始，我只是想着可以简单说下几个编程语言的安装方法。但是某天晚上我突然想到，大家不会装软件的本质上是对Linux不熟悉，于是我增加了基础部分讲解，把Linux的最小必要知识，也就是常用的shell命令行，vim文本编辑工具和环境变量着几个概念讲讲清楚。最开始是打算是先介绍各个编程语言，然后介绍conda，但是后来又觉得大家一开始不需要了解那么深入，于是就把conda提前。

为了保证课程初学者真的能听懂，我找了果子作为课程的监制，让他监督我写的讲稿和视频的录制，避免我走进“知识的诅咒”，提醒我重新制作哪些“自以为讲清楚”的知识点。于是不知不觉我的讲稿就写近14k字，PPT也做了快百页，把原本娱乐的时间全部投入到了课程的制作环境。

"知识的诅咒"指的是当你知道某个知识，你就很难明白不知道这个知识的人到底是什么状态。或者你学会了某个技能你也完全忘了没会前是什么样子，好像从一开始就会一样。

但是，我依旧担心我的课程是否真的有用，大家听完课程之后是否真的能懂。直到有一天，我听了许岑的课程（他制作了教别人做菜、教别人PPT、教别人弹吉他的课程）我终于释然了。他说，

我们不可能看完别人的视频课程、看完别人的书，就学了一门技巧，教程的目的是为了让学习的人有一点收获，对教程讲的内容提起了兴趣，然后自己在后续不断的练习，从而掌握它。

我想到我自己的学习经历，的确如他所说，那些看完以为自己就会的知识点在实际操作时总是会出现各种问题，练习的时间远远超过了看书和听课的时间。

因此，我的视频课程不会是结束，它只会是一个开始，为你展现一条生信入门的大路。

这是课程框架，分为两个部分：基础知识和软件安装实战

软件安装一课就够.png

对于刚开始入门的初学者，请仔细阅读Linux基础知识这一部分，学会基础的Linux命令行，学会使用vim进行文本编辑，理解什么是环境变量，只有清楚这些内容，后面安装部分你才能看得懂。

对于有一定Linux基础的入门者，你可以跳过基础知识，直接去学习如何使用包管理工具安装软件，学完conda之后绝大部分软件你都可以进行安装，你就能去重复别人教程里面的基础分析内容，比如说RNA-seq的预处理部分。

如果你已经知道了conda, 并且也有conda使用经验，你可以不需要去看我的视频内容，可以阅读在购买本课程并好评后我们提供的课程详细资料，了解几个conda的注意点或者叫做坑，这有助于提高你的conda使用技巧，毕竟我用它已经快2年了。

对于一些有经验的入门者，也就是会用conda软件，也知道使用./configure && make && make install编译软件的而言，你可以跳到如何安装C/C++程序的从源码编译安装部分，我这节深入讲解了编译三部曲每一步的意义，相信你看完之后对C程序的软件安装会有更深刻的理解。

后续的Python、Perl可以认为是一个整体，介绍的是解释型高级语言是如何进行模块安装，安装的脚本是如何被系统找到并执行，以及不同版本的解释器冲突应该如何解决。

如何安装R包是一个比较简单的小节，我通过虚拟机安装了一个全新的Windows环境，然后在这个环境下手把手教大家如何安装R环境以及如何安装R包，对于初学者是够用的，当然已经装了R环境的同学，可以跟着课程推荐的资料了解更多安装R包的姿势