自己创建CDF包 hursta2a520709cdf

2021-10-15  本文已影响0人  xuzhougeng

调用函数时,遇到hursta2a520709cdf not available 也就是找不到的情况

报错信息

目前网络上找到资料都不够全面,详尽,正确的处理方法如下

第一步,安装R包makecdfenv 并加载

BiocManager::install('makecdfenv')
library(makecdfenv)

第二步, 在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL15048下载 GPL15048_HuRSTA_2a520709.CDF.gz 文件, 例如我放在了E盘的根目录下

下载文件

第三步,调用函数 make.cdf.package 构建R包

library(makecdfenv)
make.cdf.package("E:/GPL15048_HuRSTA_2a520709.CDF.gz", "hursta2a520709cdf", species = "Homo sapiens", compress = TRUE)

一定要注意, GPL15048_HuRSTA_2a520709.CDF.gz 的是正确的,比如说我放在了E盘下面,所以,我的路径是 “E:/GPL15048_HuRSTA_2a520709.CDF.gz”, 如果你放在D盘,然后直接复制我的代码运行,绝对报错。

运行结果后,会在 GPL15048_HuRSTA_2a520709.CDF.gz的同级目录下生成一个文件夹,hursta2a520709cdf, 我的是E:/hursta2a520709cdf 。 我们后续要用到这个路径作为install.packages的输入

第四步,安装构建的R包

install.packages("E:/hursta2a520709cdf", repos =  NULL, type="source" )

第五步,测试安装效果

library(hursta2a520709cdf)
安装结果
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