cytoscape 绘图

cytoscape的绘图
1. 数据得导入

image.png

2. 计算节点的出入度

image.png
只保留这两列，并输出保存，然后重新导入

3. 重新导入节点的度的信息

image.png

4 对节点和边赋值
也是在tools里面的networkanalyzer进行筛选。这里要注意的是给边用weight表示的话，就不能画因果网络图出来，箭头弄不出来。所以PPI可以给边加权重，因果网络的画就先对权重进行筛选，然后就只对节点进行赋值就可以了。

image.png
这里可以选择有向图展示

5 网络图的优化

可以在这里进行节点和边的设置 可以在这里对节点的颜色和大小根据度进行一个设置

最后导出PDF进行保存即可

image.png