绘图绘画

cytoscape 绘图

2021-04-15  本文已影响0人  医学小白学生信

cytoscape的绘图
1. 数据得导入

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2. 计算节点的出入度

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只保留这两列,并输出保存,然后重新导入

3. 重新导入节点的度的信息

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4 对节点和边赋值
也是在tools里面的networkanalyzer进行筛选。这里要注意的是给边用weight表示的话,就不能画因果网络图出来,箭头弄不出来。所以PPI可以给边加权重,因果网络的画就先对权重进行筛选,然后就只对节点进行赋值就可以了。

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这里可以选择有向图展示

5 网络图的优化

可以在这里进行节点和边的设置 可以在这里对节点的颜色和大小根据度进行一个设置

最后导出PDF进行保存即可

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