GSAman | 支持快捷键,高效人工矫正物种全基因组基因结构注
2022-11-28 本文已影响0人
生信石头
写在前面
10月份的主要工作之一是开发和完善 IGV-GSAman,我完全有信心说 GSAman 是目前人工矫正基因结构注释的最佳解决方案。核心功能全有,不必 Apollo 少。甚至在一些功能上,应是更优。另外一个关键点是,GSAman 绝对是比 Apollo 快,尤其是使用 gsawoman 模式(默认是 gsaman 模式),两个模式类似,但是 gsawoman 模式非常快。逻辑上甚至不需要固态硬盘。
当然,关键点还在 GSAman 非常方便使用。至于功能完善程度,此处不再赘述,感兴趣的朋友可以看看以往推文。
事实上,在上个月,课题组内部以及GSAman内测群都有朋友提到一个更新建议,其中我觉得有用的部分全采纳也更新了。但是也有一部分,我选择放弃,主要在于开发精力,另外也是确实不想再耗时间在这上面,逻辑上GSAman就相当于一个顺便写一下的项目,本来就只想花两个小时的时间,写完就不写了。没想到越写越大。当然,都写到这里了,还是不能随便就说不写了。回到主题,为什么说不采纳一些意见,我这两天大概用了一下 GSAman 之后,感受就两个字「太难用了」(买一送一)。我是真没想到,原来人工矫正基因结构注释,点来点去这么麻烦,看来还是有必要采纳之前大伙提出的意见,也就是「支持快捷键」。
GSAman支持的快捷键
经过一天多的努力,当然也包括优化一些逻辑和代码,增加一些新特性,目前支持系列快捷键如下
0. delete 删除选中转录本
1. alt+r 重命名转录本
2. alt+e 修改转录本信息
2. alt+d 删除选中的外显子
3. alt+x 在转录本上鼠标悬停位置增加一个外显子
4. alt+p 预测最长cds
5. alt+n 增加一个新基因
6. alt+c 复制一个转录本
7. alt+z 回退一步(等于 Time Machine Apply 1 步,速度一般,不支持重做)
8. alt+j 调出快速跳转位点/区域窗口
9. alt+s 手动强制保存数据库
当然,以后或许还会增加,主要是键盘行可用的不多(比如微信 alt+a 就截图了...),另外是大伙记忆力也一般。记不住也没关系,可以通过右键菜单来查看
写在最后
我用了一下,感慨啊。怎么我之前写的软件这么难用?!不过,现在支持系列快捷键之后,真香!