GEO数据挖掘-第五期-肝细胞癌（HCC）-多组分开差异分析

文章来源：生信技能树
原文：GEO数据挖掘-第五期-肝细胞癌（HCC）-多组分开差异分析
疾病背景

肝细胞癌（HCC），起源于肝细胞，是全球第七大常见癌症。

每年全球约诊断HCC病例50万例，约占所有癌症病例的5.4%，每年因肝细胞癌而死亡得人数约70万人。

绝大多数HCC发生在亚洲和撒哈拉以南非洲，美国和其他发展中国家的HCC发病率正在上升。

文章

HBV+肝细胞癌患者lncRNA mRNA共表达网络分析及作用

GEO数据框：GSE54238

◎ 10个正常样本          (NL)

◎ 10个肝硬化             (CL)

◎ 13个早期肝细胞癌   (eHCC)

◎ 13个晚期肝细胞癌   (aHCC) 

这篇文章共进行了三组样本的比较

这篇文章共进行了三组样本的比较：

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正常组与肝硬化组

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• 根据pca结果，去掉CL组的12，14，15，16号样本，然后再进行pca和聚类分析，得到下图

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• 绘制热图和火山图

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正常组与早期肝细胞癌

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• 这两组样本没有分的很开，在下面的热图和火山图中也可看出

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正常组与晚期肝细胞癌

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• 根据pca结果，去掉aHCC组的16，17，20号样本，然后再进行pca和聚类分析，得到下图

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代码：https://github.com/wloof/GEO