被致谢!2021年7分+单基因泛癌纯生信,投稿到接受30天!

2023-02-21  本文已影响0人  生信小课堂

今天给大家介绍一篇单基因纯生信的SCI文章,文章于2020年12月27日投稿,今年1月27日即接收,文章发表于frontiers in immunology,今年的影响因子应该会在7分以上。对于单基因的分析,挑选基因最为关键。小编认为容易发表的基因要符合以下几点(符合条件越多越好):

1 在多种肿瘤中该基因高表达

2 在多种肿瘤中该基因高表达的患者预后差

3 在多种肿瘤中该基因在高分期表达较高

4 不同肿瘤中的富集分析有比较集中的几种结果

5 在一种或者多种肿瘤中与特定免疫细胞浸润相关,如巨噬细胞,CD8T细胞等

6 最好用不同的方法证明5中的结论

7 在某一种或者几种肿瘤中集中于一些免疫相关基因相关性高

8 该基因最好报道过,但是又研究较少,有一定新颖性

如果能筛选到这样的基因,再添加单基因的各种层面分析,肯定是比较容易接收的。能再加一些实验验证就更好不过了。另外,我们也推出了单基因泛癌高阶套路

文章名:Systematic Pan-Cancer Analysis Identifies TREM2 as an Immunological and Prognostic Biomarker

影响因子:4.848,即时影响因子:7.34.

投稿到接受仅一个月!

另外小编意外的发现该文章致谢了我们生信小课堂,其实我们也只是提供了其中一部分内容的帮助,这里还是要恭喜作者。

进入正文部分:

Figure 1: TREM2基因在正常组织,肿瘤组织,肿瘤细胞系和肿瘤vs正常的差异表达情况

Figure 2: TREM2在肿瘤和正常组织中的RNA和蛋白水平表达展示

Figure 3 TREM2的总生存分析

Figure 4 TREM2的 disease-specific survival (DSS) and disease-free interval (DFI)生存情况

Figure 5 TREM2的 progression-free interval (PFI) 生存情况

Figure 6 TREM2的表达与年龄的关系

Figure 7 TREM2表达与肿瘤分期的关系

Figure 8 TREM2表达与TMB(肿瘤突变负荷),MSI(微卫星不稳定)和MMR(错配修复)的相关性分析

Figure 9 TREM2表达与免疫评分的相关性

Figure 10 TREM2与免疫细胞浸润的相关性

Figure 11 TREM2与免疫相关基因的相关性,包括MHC分子,免疫抑制基因,免疫激活基因,趋化因子和趋化因子受体

Figure 12 TREM2与启动子甲基化的相关性,以及甲基化水平的预后分析,包括OS, DSS, DFI和PFI

Figure 13:GSEA分析

Figure 14 GSVA分析(Gene Set Variation Analysis:基因集变异分析)

全文结束。

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