16s rRNA

picrust1脱坑

2020-12-22  本文已影响0人  肖ano

2020-12-22
写在前面的话:第一次做微生物实验,尝试各种分析,踩了不少坑,虽然现在picrust1大有被Tax4Fun或其他功能预测方法代替的可能,但在这里还是做一下,权当凑足工作量。

1 数据准备

数据要求为closed reference聚类结果,具体参考官网教程。
http://picrust.github.io/picrust/tutorials/otu_picking.html#otu-picking-tutorial
最后获得biom格式文件,并转化为txt文件用于下一步

2 picrust1分析

下载picrust1可以使用conda安装,这里图方便直接使用Galaxy
Hutlab,网址为http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/
【注意】txt文件可能已经有taxanomy,需要删除

3 具体操作步骤

参考B站小哥的操作,细致到最后作图
https://www.bilibili.com/video/av56508559/

2020-12-22

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