fastp质控小试
2018-08-28 本文已影响5人
苏牧传媒
1.听说fastp做质控不错哦：
ref1：fastp: 极速全能的FASTQ文件自动质控+过滤+校正+预处理软件
ref2：用fastp对转录组数据做QC - 简书
2.安装吧：
当然用conda啦！支持：
conda install fastp
安装完毕：
fastp -h
参数很多哦：
截图看下
3.用法：
单端测序：
fastp -i in.fq -o out.fq
-i 输入的fq
-o 输出的fq
双端测序：（支持直接输入压缩格式哦）
fastp -i in.R1.fq -o out.R1.fq -I in.R2.fq -O out.R2.fq
-i 输入的R1.fq
-o 输出的R1fq
-I（大写的i）输入的R2.fq
-O 输出的R2.fq
4.尝试一把：
Tumor-5_R1.fq 36.6MB
Tumor-5_R1.fq 36.6MB
命令：
fastp -i Tumor-5_R1.fq -o tumor-5.R1.clean.fq -I Tumor-5_R2.fq -O tumor-5.R2.clean.fq
输出：
tumor-5.R1.clean.fq 35.9MB
tumor-5.R2.clean.fq 35.9MB
一份网页报告：fastp.html
用时：
17 seconds 还行把
网页报告截图
自个fastqc一下？
fastqc *
multiqc *
好像在去冗余上做的不错，值得一试。
资深玩家还请自个定制各种参数呦
用了没？欢迎留言讨论吧。
fastp质控小试
