跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2

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今天推文模仿的图片是来自于论文 Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders。有读者在公众号的后台留言问 论文中Figure2中的A图如何实现

image.png

今天的推文就介绍一下，因为A图的数据较多，我们来模仿B图，过程其实是一样的

image.png

• 左边两幅图是柱形图叠加误差线还叠加了散点图
• 最右侧的图可以用一个热图来画

首先构造柱形图的数据集

最左边的屁股朝右的柱形图还是第一次画，查了一下可以借助 scale_y_reverse()函数实现

set.seed(1234)
x<-seq(5,10,by=0.5)
 
df<-data.frame(`s__Klebsiella_phage_vB_KpnP_SU552A` = sample(x,10,replace = T),
               `s__Escherichia_phage_ECBP5` = sample(x,10,replace = T),
               `s__Clostridium_phage_phi8074-B1` = sample(x,10,replace = T),
               check.names = F)
head(df)

image.png

宽格式转换为长格式

df%>%
  reshape2::melt() -> df1

分组求均值和标准差

library(dplyr)
df%>%
  reshape2::melt()%>%
  group_by(variable)%>%
  summarise(mean_value=mean(value),
            sd_value=sd(value)) -> df2

柱形图叠加误差线和散点图

ggplot()+
  geom_col(data=df2,aes(x=variable,y=mean_value),
           fill="#8babd3",
           color="black")+
  geom_errorbar(data=df2,aes(x=variable,
                             ymin=mean_value-sd_value,
                             ymax=mean_value+sd_value),
                width=0.2)+
  geom_jitter(data=df1,aes(x=variable,y=value),
              width = 0.2,color="grey")

image.png

接下来就是调整坐标轴，让屁股朝右

ggplot()+
  geom_col(data=df2,aes(x=variable,y=mean_value),
           fill="#8babd3",
           color="black")+
  geom_errorbar(data=df2,aes(x=variable,
                             ymin=mean_value-sd_value+0.001,
                             ymax=mean_value+sd_value),
                width=0.2)+
  geom_jitter(data=df1,aes(x=variable,y=value),
              width = 0.2,color="grey")+
  #scale_y_continuous(expand = c(0,0))+
  theme_bw()+
  coord_flip()+
  scale_y_reverse(expand=c(0,0),
                  position="right")+
  labs(x=NULL,y=NULL)

image.png

第二个柱形图也直接用这个数据画了

ggplot()+
  geom_col(data=df2,aes(x=variable,y=mean_value),
           fill="#ffc080",
           color="black")+
  geom_errorbar(data=df2,aes(x=variable,
                             ymin=mean_value-sd_value+0.001,
                             ymax=mean_value+sd_value),
                width=0.2)+
  geom_jitter(data=df1,aes(x=variable,y=value),
              width = 0.2,color="grey")+
  scale_y_continuous(expand = c(0,0),
                     position = "right")+
  theme_bw()+
  coord_flip()+
  labs(x=NULL,y=NULL)+
  theme(axis.text.y = element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank())

image.png

接下来是构造最右侧的热图数据

df3<-data.frame(x="A",
                y=c("s__Klebsiella_phage_vB_KpnP_SU552A",
                    "s__Escherichia_phage_ECBP5",
                    "s__Clostridium_phage_phi8074-B1"),
                group=c("f__Siphoviridae",
                        "f__Podoviridae",
                        "f__Podoviridae"))

ggplot(df3,aes(x=x,y=y))+
  geom_tile(aes(fill=group),show.legend = F)+
  labs(x=NULL,y=NULL)+
  scale_x_discrete(expand = c(0,0))+
  scale_y_discrete(expand = c(0,0))+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.text = element_blank())+
  scale_fill_manual(values = c("#c65911","#ffd965"))

image.png

最后是拼图

library(patchwork)
p1+p2+p3+ggtitle("Bacteriophages")+
  theme(plot.title = element_text(hjust=5))+
  plot_layout(widths = c(1.2,1,0.2)) -> p
ggsave(filename = "Rplot10.pdf",
       p,
       width = 10,height = 3)

最终的结果如下

image.png

这里又一个细节没能够实现：就是如何让坐标轴的标签以 1 x 10 -3 这种形式展示呢？

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