【Linux】生物信息软件安装过程

2022-04-05 本文已影响0人巩翔宇Ibrahimovic

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变量

显示变量值：echo $变量名变量名之前一定要有$符号，echo才能将变量名替换成实际变量值。
PATH存放命令的查找方式，类似快捷方式。which查看命令的位置。
系统级配置文件：/etc/profile
用户配置文件：~/.bashrc
查看linux常见命令：man.linux【linux命令大全】
windows下查看环境变量：我的电脑-属性-高级系统设置

正式安装软件

1. Root安装

2.Conda安装

小炒：搜索 “conda cheatsheet”
好处：

第三方软件齐全，安装方便。
多环境管理，避免软件冲突。
不需要root权限，可自由安装软件。

添加channel
channel是有顺序的，一般保持bioconda在第一个，conda-forge在第二个。-defaults放最后。

创建软链接,相当于在桌面创建了快捷方式：ln -s
例：ln -s ~/miniconda3/envs/python2/macs2 ~/.local/bin
搜索生信软件
https://bioconda.github.io/ -availiable packages
Tips

安装conda不要添加到环境变量，用source activate 启动。
家目录下创建路径opt存放软件，一个子目录为“syssoft”，存放系统软件；另一个子目录为“biosoft”，存放生物学软件。
家目录下创建路径src，用于存放源代码
Vim条件下，shift+g 跳到最后一行。
conda的另一种形式：mamba，也可以用来安装软件。

3.C/C++安装

二进制版本
以ncbi-blast,'sra-toolkit','hisat2'为例

下载相应版本的文件
解压缩
添加环境变量,使其在相对路径也可调用

vim ~/.bashrc
export PATH=$PATH:~/opt/biosoft/hisat2-2.1.0 #$PATH是提取当前环境变量
source ~/.bashrc  #运行

完成

预编译版本

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以zlib为例，samtools依赖的软件。

下载并解压
配置作用：检查系统，构建make file。

./configure --prefix=$HOME/opt/sysoft/ #第一步

编译

make #第二步
make install #第三步

tree的安装只需后两步，且最后一步的时候要做修改，记得去看Read me。

make install prefix=$HOME/opt/sysoft/

三部曲解读：

configure 检查系统，构建makefile。

如果没有root权限要解决软件依赖的问题：
https://www.jianshu.com/p/da92ca36a220
修改makefile的变量名

export CC="usr/bin/gcc"
./configure
make insatall prefix=$HOME opt/syssoft/
直接vim makefile，修改prefix
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解决C语言编译问题
https://www.jianshu.com/p/7872d02694ea