共线性分析 | Advance Circos图绘制
写在前面
最近在作图，一直迷恋上TBtools了，真是感觉上手后，都不想自己写代码来分析或画图了。TBtools确实牛X，再一次发自内心的！！！！昨晚，使用TBtools来做共线分析后做Circos图。关于使用TBtools做Circos图，CJ也做了很多的教程，以及也有很的同学或公众号推了相关的教程。具体可以看，定制Circos图：使用TBtools，从数据准备到可视化，视频手把手 | 用户教你Advanced Circos 画最好看的象形图~，还有很多。这个教程也只是自己粗糙的记录自己操作过程(是真的很粗......)。
--Du
所需文件
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基因组fa文件
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基因组注释文件(gtf or gff)
一、获得染色体长度信息
获得结果
二、获得基因位置信息文件
拖拽gff文件到TBtools软件,点击Start。
删除不必要的信息
三、提取目标基因的信息
拖拽文件文件时，
Selected Coluumn选择我们要match的列
四、基因组内的同源复制信息制作
使用MCScanx，分别输入物种的fa和gtf信息。
结束以后，可以获得geneLinkedRegion.tab.xls的文件，
五、选择目的基因关联信息
使用Table Row Extract or Filter进行match。
下面的操作为重点，不然匹配出来的文件是空。
这样就可以获得次作物中，基因组复制的信息位点。
将获得的信息复制到geneLinkedRegion.tab.xls的文件中，并修改颜色。
六、出图
将以上的信息文件输入到Advanced Circos中即可出图
七、调整
出图后，我们自己需要调整很多的参数，如颜色，字体大小，距离......等等，具体可以根据自己的需求来调整。
在这里可以调整图形整体的参数，如chr、距离等。
比如，调整
Feature Label 可以调整显示基因的间距。
调整染色体的颜色
更多的参数调整，我们可以更具那些优秀的教程一步一步的操作。以及，需要我们自己结合自己实际进行操作。
对于第一次绘制类似图形的童鞋，我还是建议找一张自己看着好看的图形作为参考模仿着绘制。自己作图时一直这样做的，模仿着并优化着，你可以将多张图形整合到自己图形中。
ENDING ！！！
往期文章：
1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）
2. 精美图形绘制教程
3. 转录组分析教程
- 1.课程介绍
- 2.第一章 Linux基础
- 3.第一章 生信软件安装
- 4.第二章 转录组数据的下载
- 5.第三章 参考基因组序列和注释文件的下载
- 6.转录组上游分析教程 | 第四章 数据过滤
- 7.第四章 Hisat2进行数据比对
- 8.第四章 Bowtie2进行数据比对
- 9.第四章 BWA进行数据比对
- 10.第四章 Tophat2比对
- 11.第五章 无参考基因组的转录组分析
- 12.第六章 转录本定量分析
小杜的生信筆記，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!
