R语言GOplot包画弦图如何准备自己的数据~写了一个简单的py

GOplot那个R语言包画弦图展示GO富集分析的结果，图还挺漂亮的，但是如果是自己的数据到最终他的画图需要的输入数据还挺麻烦的，我这边写了一个python脚本，希望可以简化画图数据的准备过程，脚本写的比较丑，但是凑合着能用

你自己需要准备的数据是

• GO富集分析的结果
• 感兴趣的基因列表（每行一个基因名）
• 感兴趣的基因对应的数据（比如表达量或者其他）
  一个基因名对应着一个数据，每行一个
• 感兴趣的Term的名字（每行一个）

运行脚本

python .\prepare_input_df_for_R_GOplot_GOchord.py .\genes.txt .\process.txt .\GO_enrich_result.tsv a b 3 4 output-1.txt

• 第一个位置是感兴趣的基因名文件
• 第二个位置是感兴趣的Term的文件
• 第三个位置是GO富集分析的结果文件
• 第四个位置是GO富集分析结果文件的分隔符
  a代表制表符
  b代表逗号
  d代表斜线/
• 第五个位置是GO富集分析结果文件中基因名那一列的分隔符 abd同上
• 第六个是GO富集分析结果文件中Term对应的是哪一列
• 第七个是GO富集分析结果文件中基因名对应的是哪一列
• 第八个参数是输出文件的名字

这样就获得了output-1.txt这个文件，接下来是R语言里的代码

df<-read.csv("D:/Jupyter/GOplot/example/output-1.txt",
             header = T,
             sep="\t",
             row.names = 1,
             check.names = F)

head(df)
df<-df[,1:dim(df)[2]-1]

首先是读入数据，python脚本输出的文件是制表符分隔的
结尾处有一列空值，python里不知道如何删掉，这里读入数据以后再删掉吧

which(rowSums(df) == 0)

数据每行都是0，和1，还得检查一下有没有哪一行全是0，如果全是0这一行得删掉

df1<-read.csv("D:/Jupyter/GOplot/example/geneslogfc.csv")
df$logFC<-df1$logFC

读取带数值的基因文件，这个基因文件的顺序需要和感兴趣的基因那个文件完全保持一致

最后就是画图了

library(GOplot)
library(ggplot2)
p1<-GOChord(as.matrix(df), 
        space = 0.02, 
        gene.order = 'logFC', 
        gene.space = 0.25, gene.size = 5)

ggsave(filename = "GOplot_example/p3.pdf",
       p1,
       width = 15,height = 15)

image.png

后记

python里是可以调用R语言的，好好研究一些，看能不能直接一个python脚本出图，那样就非常方便了

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