NCBI|转录组原始数据上传
数据上传NCBI系列又来啦!今天小编来为大家演示的是转录组原始数据上传NCBI哦~
01.申请Biosample编号
1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,进行注册或登录,操作如下:
如果你有NCBI账号可以直接登录
如果你没有NCBI账号,就进行注册操作
你可以选择以下注册平台进行注册
注册完成后,就可以进入NCBI页面啦~
2.点击上传模块,开始申请编号操作啦!
点击我的提交
进入Biosample
点击新的提交
3.接下来填写提交者的基本信息
4.点击继续,进入下一步选择释放日期和样本数量
5.选择样品的类型,小编这里以真核藻类样品为例选择
7.填写表格数据,小编以下载Excel表格为例进行操作:
这里注意一下,绿色为必填项,如果任何必填字段的信息不可用,请酌情输入“not collected”、“not applicable”或“missing”。蓝色为选填项,但至少填写一个,如果任何必填字段的信息不可用,请酌情输入“not collected”、“not applicable”或“missing”。黄色为非填项,可以不予填写。每一个单元格填写是有格式的,可以点击需要填写的列名查看其格式哦!
8.当表格填写完成后,就可以把表格进行上传啦~
如果你在上传表格后出现以下错误,就说明你的样本编号错了,解决方法一可以把样品编号加上大写的字母
image
解决方法二在表格最后一列添加如下问题:
image9.问题解决完成后点击继续,检查一下信息是否正确,就可以进行提交,我们的第一步也算完成啦~
02.申请BioProject编号
1.回到最初的提交页面
2.点击BioProject按钮,开始我们的第二步
点击新的提交
填写提交者基本信息,与申请BioSample编号信息填写要一致
3.选择项目类型,一般是选择原始序列读取
选择样本的示例范围
4.填写样本的目标
5.填写释放日期和样本的公开说明
6.填写BioSample编号
进入Biosample
点击申请编号对象
复制第一个编号
回到页面,填写上复制的编号
7.编号填写完成后,点击继续到最后,检查信息是否填写正确后就可以提交啦!这样我们的第二步也完成啦~
03.申请SRA编号和数据上传
1.回到最初的提交页面
2.开始申请SRA编号,操作如下:进入SRA
点击新的提交
填写提交者信息与之前填写信息一致
填写BioProject编号,回到提交页面
进入BioProject查看编号
复制编号后回到提交页面
进入SRA未完成的位置
将编号填写进去并选择释放日期,需与之前填写的释放日期一致
3.编号填写和释放日期选择完成后,点击继续,进行填写表格操作,小编依旧以下载的Excel表格为例进行操作。
打开下载后的表格进行填写
第一列填写BioSample编号
回到NCBI网页,返回至提交页面
进入Biosample查看编号
将下列图中的编号填写进表格第一列
表格第二列可自行填写
表格第三列填写测序类型+某物种,如RNAseq of water
表格第四列填写测序技术
表格第五列填写组学
表格第六列填写选择
表格第七列填写样本数量
表格第八列填写测序平台
表格第九列
表格第十列填写样本说明
表格第十一列填写原始数据的文件类型
表格第十二和十三列填写原始数据文件名
到这里表格就填写完成了,保存表格并上传
4.将原始数据上传到NCBI上
5.将原始数据上传完成后就可以点击提交
提交完成后可以回到提交页面查看提交状态哦~