mummer
mummer tutorial
http://mummer.sourceforge.net/examples/#examples
1.mapview
通过nucmer或者promer得到.coords 文件。在show-coords命令时一定要有参数-l -r。
mapview -n 1 -p mapview promer.coords
-n 默认会将output分成10个files。这里因为序列小，将n设为1
输出结果：mapview_0.fig
如果有cds和utr（gff格式）文件，可以让图多最上方的绿色方块注释信息。
mapview -n 1 -f pdf -p mapview promer.coords D_melanogaster_2Rslice.utr D_melanogaster_2Rslice.cds
默认输出fig格式
-f pdf 指定输出pdf格式
？？指定pdf后，无任何文件输出
2.2 mummer
to find maximal exact matches of some minimum length between two input sequences.
generate alignment dot plots,
1. mummer
mummer -mum -b -c H_pylori26695_Eslice.fasta H_pyloriJ99_Eslice.fasta > mummer.mums
可以多条reference对多条query。不过plot还是1对1比较清楚。
-m:all maximal unique matches
-b:both forward and reverse
-c:relative to forward strand
输出mummer.mums
2. mummerplot
mummerplot -x "[0,275287]" -y "[0,265111]" -postscript -p mummer mummer.mums
-p 输出文件前缀
-x -y：根据input序列长度来设定
输出文件：
plot files contains the data points：mummer.fplot mummer.rplot
mummer.gp is a gnuplot script for plotting the data points in the plot files
mummer.ps is the postscript plot generated by the gnuplot script.
image.png
Forward MUMs 红色
reverse MUMs 绿色or蓝色
- A line of dots斜率为1表示 an undisturbed segment of conservation between the two sequences,
若为-1，represents an inverted segment of conservation between the two sequences. - 左上的绿色部分表示既是an inversion 也是translocation, 因为斜率为负，而且和其他部分不在一个位置，看起来是在 line approximated by f(x) = x.
右上的绿色部分仅仅是inversion。 - 总的来说，线越接近 f(x) = x (or -x) ，两个序列之间的 macroscopic differences越少。
2.4 promer
和nucmer的唯一区别：all matching and alignment routines are performed on the six frame amino acid translation of the DNA input sequence.
会更加敏感，因为蛋白序列diverge much slower。因为结果比nucmer多一些conserved regions，因为DNA没有蛋白质那么保守。
参考序列fasta：只有一条
queryfasta contigs：有两条
1. promer
aligns a few query sequences to single reference sequence
最好是多条序列map到单条reference sequence
promer -p promer D_melanogaster_2Rslice.fasta D_pseudoobscura_contigs.fasta
-p 为输出文件前缀
输出两个文件。
promer.delta 是encoded file that represents the alignment between the two inputs.
2. show-coords
根据delta文件提取需要的信息。-r -c -l 有利于后续mapview。
displays the alignment coordinates
show-coords -r -c -l -L 100 -I 50 promer.delta > promer.coords
each line is sorted by its starting reference coordinate (-r)
alignment coverage (-c)
sequence length (-l)
minimum length (-L)
minimum percent identity (-I) cutoffs
3. show-aligns
prints a pairwise alignment of one of the contigs
“3214968”是query fasta中一个contig的名字
image.png
show-aligns promer.delta "D_melanogaster_2Rslice" "3214968" > promer.aligns
show-aligns 只能每两个序列来跑。这里就必须跑两次，两个contig分别都要跑一次。
mummerplot
导出格式为ps（postscript格式），需要转成pdf
安装ghostscript，其中有ps2pdf。（apt-get install ghostscript）
但服务器装了ps2pdf
https://www.linux.com/learn/creating-pdf-files-ps2pdf
show-snps -Clr -x 1 -T out-filter.delta >mum.delta.filterX.snps
找到python脚本将snp输出文件转成vcf格式
vcftools
http://lilibei.net/2016/11/21/vcftools使用说明/
ANNOVAR
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