Python | 评估基因组组装信息
2022-10-20 本文已影响0人
懒猪曼达
在这个例子中,主要的目标是评估基因组组装后的信息,包括染色体的总长度、染色体的数目、染色体的平均长度、最长的染色体及其对应的长度、N50、N60以及N70的信息
主要的思路:首先是读取这个fai文件,统计所有染色体的信息,后续的最长染色体及其信息以及N50等信息的获得都是通过构建函数的方法。
代码实例
运行结果
在这个例子中,主要的目标是评估基因组组装后的信息,包括染色体的总长度、染色体的数目、染色体的平均长度、最长的染色体及其对应的长度、N50、N60以及N70的信息
主要的思路:首先是读取这个fai文件,统计所有染色体的信息,后续的最长染色体及其信息以及N50等信息的获得都是通过构建函数的方法。
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