FST值的数据可视化
一、准备工作；
用excel创建如下图的excel数据，然后保存成CSV格式
image.png
创建工作目录
getwd()
把准备好的文件放在这个工作目录下
一、读入数据；
dt1<- read.csv("test.csv",sep=",", header = T)
read.csv和read.csv2与read.table相同，但默认值除外。
它们用于读取“逗号分隔值”文件（’.csv’）或（read.csv2）在使用逗号作为小数点和分号作为字段分隔符的国家/地区中使用的变体。
类似地，read.delim和read.delim2用于读取默认分隔符为TAB的文件。 请注意，这些变体中的header =
TRUE和fill = TRUE，并且注释字符已禁用。
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原文链接：https://blog.csdn.net/wmm131333/article/details/100691190
A.read.delim和read.table的区别为：
读取数据速度不同、要求不同、空串不同。
一、读取数据速度不同
1、read.delim：read.delim的读取数据速度比read.table的读取数据速度更快。
2、read.table：read.table的读取数据速度比read.delim的读取数据速度更慢。
二、要求不同
1、read.delim：read.delim不要求所有列都对等，会按最大列，或指定的列数填充。
2、read.table：read.table严格要求所有列都对等。
三、空串不同
1、read.delim：read.delim空串时，可指定相应的字符或数字填充进行读取。
2、read.table：read.table不允许有空串，必须有相应的字符或数字才可以进行读取。
B.sep和header的含义见
初学者R语言：外部数据导入 - 简书 (jianshu.com)
geom_point(）可以设置散点的大小，形状，颜色等，如geom_point(size=6,shape=1）具体见R语言绘图基础篇-散点图（geom_point） - 知乎 (zhihu.com)
二、加载ggplot2包；
library(ggplot2)
三、建立颜色与数据的关系,这里让点按照数据大小显示不同的颜色；
p1<-ggplot(dt1, aes(No, Fst,color= factor(Gene)))+geom_point()
四、设置x轴和y轴范围
设置x轴范围
p1<-p1+scale_x_continuous(limits = c(0, 114),breaks = c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,100,101,102,103,104[105],105,106,107,108,109,110,111,112,113,114))
1：114指的是1，2，3，4......114
设置y轴范围
p1<-p1+scale_y_continuous(limits = c(-0.065377,0.910141),breaks = c(0,0.25,0.50,0.75,1),labels = c("0.00","0.25","0.50","0.75","1.00"))
五、设置图例、坐标轴、图表的标题；
p1<-p1+labs(y="Fst",x="SNP")
六、自定义图表主题，对图表做精细调整；
top.mar=0.2
right.mar=0.2
bottom.mar=0.2
left.mar=0.2
mytheme<-theme(panel.grid.major =element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
panel.border = element_blank(),
axis.line.y = element_line(color = "black"),
axis.line.x = element_line(color = "white"),
axis.title.y = element_text(size = rel(1.2)),
axis.title.x = element_text(size = rel(1.2),color = "black"),
axis.text.y = element_text(size=rel(1.2),color="black"),
axis.text.x = element_text(size=rel(1.2),color="black"),
plot.margin=unit(x=c(top.mar,right.mar,bottom.mar,left.mar),units="inches"))
mytheme<-theme(panel.grid.major =element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
panel.border = element_blank(),
axis.line.y = element_line(color = "black"),
axis.line.x = element_line(color = "black"),
#axis.title.x = element_text(size = rel(1.2)),
axis.title.y = element_text(size = rel(1.2)),
axis.text.y = element_text(size=rel(1.2),color="black"),
#axis.text.x = element_text(size=rel(1.2),color="black"),
plot.margin=unit(x=c(top.mar,right.mar,bottom.mar,left.mar),units="inches"))
p1<-p1+mytheme
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作者：EwanH
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来源：简书
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。
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