《学习小组Day3笔记--哇哈哈》

花花提示了顿号，说明前面的不规范，改！

标题格式

进入正题，今天学习在Linux下安装软件

一.安装流程

1.准备工作：安装 bzip2

yum install -y bzip2   #安装 bzip2

2.安装号称“app store"的软件管理miniconda

• 准备好miniconda 网址，一会放入命令里就自动链接安装

去官网找miniconda的下载链接，右键复制

• 登陆putty,进入目录biosoft下

cd biosoft
wget +链接  #（刚才miniconda的下载链接，例如 wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh）

• 运行链接（发现代码背景是黑色，不好看，以后就用引用段落替代吧）

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## （发现代码背景是黑色，不好看，以后就用引用段落替代吧）

接下来是阅读安装许可，点击键盘Enter就行，大概9-11次，然后看到显示要输入 yes/no 的时候，输入 yes,运行，再按enter

• 等待安装
• 出现提示yes\no,输入yes
• 安装成功，就会显示 thank you for installing miniconda3!9(如下图)
  安装成功

最后关键一步，激活conda

source ~/.bashrc

• 加载镜像（一行行复制，我也不知道为何不能一起复制运行，/(ㄒoㄒ)/）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

完美！

二.开始玩conda啦（安装和卸载软件）

• 查看软件列表

conda list

• 搜索软件

conda search fastqc

• 安装软件

conda install fastqc -y
ps:花花说，加上-y是自动安装。
可能就是最后安装好了会问你yes\no，这里加 y ,是一起运行了yes的意思？

• 卸载软件

conda remove fastqc -y

ok

最后前面会多出一个（base）,不要紧，泽哥解释如下：

因为你安装了conda，现在的conda默认就会在前面加上默认的环境名称，也就是base
如果你切换到其他的小环境，那么base就会改变。只是conda的一个提醒功能而已
|~~~明了哈哈

前期准备工作比较多，加油

今日安装没有报错，简直太感动了，感谢花花和前面的人的摸索，提供了经验

see you