一个小工具的想法：从被子植物进化的角度看生物学问题
写在前面
从硕士生到博士生，对生物学问题的了解有了较大的变化（硕士靠硕导，主要磨练技能，打基础；博士靠博导，主要磨练意志，拓宽思路）。
慢慢地也明白，无论生物学问题是在哪个物种中发现的，推广到大植物的角度，或者更好地说，推广到植物演化的角度来说，那么就会更有趣。也或许，在推广的过程中，发现更多可能对下一步研究有用的信息。
目前的问题
而在我个人的认知范围内，较多的分析可能会遇到以下问题
- 没有推广的概念
- 不知道如何推广，更或者说，没有合适的推广工具
前者，无话可说。后者则需要一个优秀的工具。打个比方，当你分析发现某个基因在苹果中有一个拷贝，那么在桃子里面呢？在整个蔷薇科里面呢？在十字花科里面？在整个双子叶里面呢？在整个被子植物里面呢？
目前已经可以拿到基因组组装结果的植物，应是超过300种，即使对每个物种都做一遍，或者是挑取其中关键科属的一些物种做一遍，那么难度不大。
而麻烦的是，在于每个物种做完之后，如何更好的从进化的角度来可视化。
此时需要的可能不是进化树可视化软件，而是拿到这个进化树文本的软件。
也就得到这么一个问题：
我有20个物种的各自的分析指标，我需要知道这20个物种相互之间的公众认可的进化关系，如何快速得到？
一个解决这个问题的办法
在被子植物上，有一个非常伟大的项目，APG，目前的版本是IV（博导介绍的数据库）。这个项目是比较权威的植物进化关系网站，提供了几乎所有植物科层面的分类和进化关系。
还有另一个伟大的项目，The Plant List，这个数据库也比较厉害，提供了几乎所有植物的属到科的关系
那么解决问题的办法就有了：
- 拿到20个物种的双名
- 使用The Plant List获得每一个物种的科
- 使用APG IV, 最终的进化关系
说起来是比较简单的，做起来，还是比较麻烦。主要是因为这涉及到大量的文本整理和映射工作，尤其是最后的树文本的构建，可能需要使用TreeGraph2等软件。
当然，事实是存在很不错的解法，即科学网 - 张金龙老师 - 一份优秀的教程：
《用Phylomatic和PhyloCom进行群落系统进化分析(20180820)》 http://blog.sciencenet.cn/home.php?do=blog&id=335503&mod=space&uid=255662
感兴趣的朋友可以前往查看。
可能在不久之后，我会在释放一个更便捷的做法，使得所有人只需要给一堆双名列表，就可以直接得到newick文本，因为工具我都写了（从tab表到树，从树到tab表，树的可视化等）。
一直没有实现这个工具的主要原因是今天推文的信息来源。
今天把信息都理清楚了，则是因为课题组成员确实需要用到。
为什么我还是没写这个工具，原因是感觉太简单，或者是不值得。
写在最后
这会是一个不错的生信练手工具。写到这里我突然想起iTOLs?或者是Evolviews? 这两个上面是否就包括了以上功能？我并不知道，也不想知道。一个是我可能确实用不上以上工具，另一方面，类似的功能，如果想要实现，那么可能需要一些时间。而类似的图片，如果想要画出，那么并不困难。
我并不反对任何常见的入门方式。当然我个人推荐的是：
- 做一套完整的数据分析
- 从头到尾写一个有人用的工具
OK。看运气了。
