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GEO数据库中下载的平台文件没有基因名或者基因名不全怎么办

2021-11-21  本文已影响0人  误入BioInfor的大黄鸭

在GEO数据库中我们经常会遇到下载的GPL平台文件没有基因名,或者我们所需要的基因在里面找不到

①可能是由于数据集作者使用的芯片拥有版权未开放下载,不提供数据

②我们下载的数据集,通过处理之后,发现里面没有我们想要分析的基因,可能是基因芯片注释的时候没完全注释,导致一些基因的遗漏

③可能是作者未进行注释,只提供了序列

对于②③来说,我们可以通过GEO的重注释,进行对基因的注释,获取我们所需要的基因名等信息,对于②,可能重注释时候还不能获得我们所需要的基因,对于③,重注释就能完美解决GPL平台文件没有基因名的问题。

对于重注释,可参考果子老师的教程https://mp.weixin.qq.com/s/X8rUnEasKy3Dk-EoUAvC2A

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