跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2

论文是 Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestication history of cultivated lettuce

image.png

这篇论文的数据是公开的，我们可以试着用公开的数据复现一下论文中用来展示数据的图。第一个图是使用地图来展示实验样本的地理分布。论文中写道 画图是使用ggplot2，作图数据来自 the Natural Earth dataset (http://www.naturalearthdata.com).

The world map was constructed using the R package ggplot2 with the Natural Earth dataset.

(http://www.naturalearthdata.com) 这个链接的数据怎么下载暂时没有搞明白。查了一下，发现R语言里有专门的包来获取这个地图数据，参考链接是 https://slcladal.github.io/maps.html

前几天的推文介绍了如何利用ggplot2包来绘制地图，有人在推文下留言说 地图上的边界存在问题 所以推文就删掉了。因为地图数据用的是老外搞得，经常会出现问题。大家使用地图的时候要格外注意。那这次演示就不用带有国家边界的地图了，也可以直接画以洲为边界的地图

加载需要用到的R包

library(rnaturalearthdata)
library(rnaturalearth)
library(ggplot2)
library(tidyverse)
#install.packages("regos")
library(rgeos)

获取画图的数据

world <- ne_coastline(scale = "medium",
                      returnclass = c("sf"))

上次的推文有人说这个部分代码被挡住了

画图

ggplot(data = world)+
  geom_sf(fill="white") +
  labs( x = "Longitude", y = "Latitude") +
  # ggtitle("World map",
  #         subtitle = paste0("(", 
  #                           length(unique(world$admin)),
  #                           " countries)"))+
  theme_bw()+
  theme(#plot.background = element_rect(fill = "aliceblue"),
        panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_rect(fill = "aliceblue"))+
  labs(x=NULL,y=NULL)

这里遇到一个问题是不能够给地图区域的内部填充颜色，这个地方没有搞明白画地图的数据到底是什么样子的！

这个问题先留在这里了

如果想要展示局部地区，只需要指定xlim和ylim的范围就好了

ggplot(data = world)+
  geom_sf(fill="red") +
  labs( x = "Longitude", y = "Latitude") +
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_rect(fill = "aliceblue"))+
  labs(x=NULL,y=NULL)
  coord_sf(xlim = c(-10, 80.00), 
           ylim = c(20.00, 70.00), 
           expand = FALSE)

image.png

接下来是叠加饼图

有现成的函数可以做这个事情，参考如下链接

https://guangchuangyu.github.io/2016/12/scatterpie-for-plotting-pies-on-ggplot/

需要借助scatterpie这个包

直接安装

install.packages("scatterpie")

看下帮助文档中的例子

help(package="scatterpie")


library(ggplot2)
library(scatterpie)
d <- data.frame(x=rnorm(5), y=rnorm(5))
d$A <- abs(rnorm(5, sd=1))
d$B <- abs(rnorm(5, sd=2))
d$C <- abs(rnorm(5, sd=3))
d
ggplot() + 
  geom_scatterpie(aes(x=x, y=y,r=0.3), 
                  data=d, 
                  cols=c("A", "B", "C")) +
  theme_bw()+
  scale_fill_manual(values = c("steelblue", 
                               "yellowgreen", 
                               "violetred1"))

image.png

这样就可以很方便的向地图上添加饼状图了

完整代码

#install.packages("rnaturalearth")
#install.packages("rnaturalearthdata")
help(package="rnaturalearth")
help(package="rnaturalearthdata")
library(rnaturalearthdata)
library(rnaturalearth)
library(ggplot2)
library(tidyverse)
#install.packages("regos")
library(rgeos)
world <- ne_coastline(scale = "medium",
                      returnclass = c("sf"))
d <- data.frame(x=sample(seq(0,80,10),5), 
                y=sample(seq(20,70,5),5))
d$A <- abs(rnorm(5, sd=1))
d$B <- abs(rnorm(5, sd=2))
d$C <- abs(rnorm(5, sd=3))
d

library(scatterpie)
# gene world map
ggplot(data = world)+
  geom_sf(fill="red") +
  labs( x = "Longitude", y = "Latitude") +
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_rect(fill = "aliceblue"))+
  labs(x=NULL,y=NULL)+
  coord_sf(xlim = c(-10, 80.00), 
           ylim = c(20.00, 70.00), 
           expand = FALSE)+
    geom_scatterpie(aes(x=x, y=y,r=3), 
                    data=d, 
                    cols=c("A", "B", "C")) +
    theme_bw()+
    scale_fill_manual(values = c("steelblue", 
                                 "yellowgreen", 
                                 "violetred1"))

image.png

这里还有一个问题是 这个地图为什么上下会出现很多空白区域呢，而不是占满整个画图区域呢？

如果需要今天图文的示例代码，直接在后台回复 20210423 就可以了

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