FASTQ格式-摘录

文章摘自微信公众号 基因学苑 ，感谢原作者。

fastp -i SRR8651554_1.fastq.gz -I SRR8651554_2.fastq.gz -o clean.1.fq.gz -O clean.2.fq.gz -z 4 -q 20 -u 40 -n 10 -f 15 -t 15 -F 15 -T 15 -h fastp.html

 #建立索引 

 bwa index -a is  ref.fna

 #bwa比对

bwa mem -t 4 R '@RG\tID:A1\tPL:illumina\tSM:MTB' ref.fna  clean.1.fq.gz  clean.2.fq.gz  >A1.sam