安装R包出现load failed错误
2020-09-07 本文已影响0人
dulunar
前言
最近刚回来,发现实验室服务器各种bug,首先apt升级了一些软件,然后老版本的R 3.3.1升级到了3.6.1,于是乎出现以前安装的包不能在当前版本用
package ‘scales’ was installed by an R version with different internals; it needs to be reinstalled for use with this R version
于是跟着更新了一下:
update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)
大部分都正常了,但是还是有些包没法使用,只能再重新安装了:
install.packages("tidyverse", clean=TRUE, dependencies=TRUE)
可是在安装某些R包的过程中还是出现了一些错误,例如:
Error: package or namespace load failed for ‘haven’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/home/luna/Desktop/Software/R-3.2.5/lib64/R/library/00LOCK-haven/00new/haven/libs/haven.so':
/home/luna/Desktop/Software/R-3.2.5/lib64/R/library/00LOCK-haven/00new/haven/libs/haven.so: undefined symbol: libiconv
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
removing ‘/home/luna/Desktop/Software/R-3.2.5/lib64/R/library/haven’
Error: package or namespace load failed for ‘readx1’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
Error: package or namespace load failed for ‘ tidyverse’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
解决
其实错误的根本是在R中安装包的时候调用了系统安装的非R的动态库,在本地lib路径( 不是 R 软件包) 中有 libiconv.so,包含在 LD_LIBRARY_PATH 中,在 R 会话中验证也可以发现
Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
具有该目录。但是R 库加载程序时无法找到这里共享对象,所以这个错误就是R包的非R依赖项的问题。
清洗器解决方法
使用withr::with_makevars
,这个方法允许临时控制Makevars
内容,使用这个方式,可以直接从repo
安装R包:
withr::with_makevars(c(PKG_LIBS = "-liconv"), install.packages("haven"), assignment = "+=")
## or
with_makevars(c(PKG_CFLAGS = "-std=c11"), install.packages("plyr", repos = NULL, type = "source"), assignment = "+=")
要使用这个方法,只需要已经安装了withr
,这个是devtools
的依赖使用。
参考
dynamic-loading - 如何在 R 中指定动态库加载的( 非 R ) 库路径?
—— dulunar 后记于 2019.11