R语言绘图包08--森林图的绘制：forestplot
2022-09-14 本文已影响0人
Hayley笔记
R语言绘图包系列：
- R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork
- R语言绘图包02--热图pheatmap
- R语言绘图包03--火山图EnhancedVolcano
- R语言绘图包04--GOplot：富集分析结果可视化
- R语言绘图包05--韦恩图的绘制：ggvenn和VennDiagram
- R语言绘图包06--基因表达相关性绘图corrplot
- R语言绘图包07--多集合可视化UpSetR
1. 基本用法和参数
forestplot(...)
# S3 method for data.frame
forestplot(x, mean, lower, upper, labeltext, is.summary, ...)
# S3 method for default
forestplot(
labeltext,
mean,
lower,
upper,
align,
is.summary = FALSE,
graph.pos = "right",
hrzl_lines,
clip = c(-Inf, Inf),
xlab = "",
zero = ifelse(xlog, 1, 0),
graphwidth = "auto",
colgap,
lineheight = "auto",
line.margin,
col = fpColors(),
txt_gp = fpTxtGp(),
xlog = FALSE,
xticks,
xticks.digits = 2,
grid = FALSE,
lwd.xaxis,
lwd.zero,
lwd.ci,
lty.ci = 1,
ci.vertices,
ci.vertices.height = 0.1,
boxsize,
mar = unit(rep(5, times = 4), "mm"),
title,
legend,
legend_args = fpLegend(),
new_page = getOption("forestplot_new_page", TRUE),
fn.ci_norm = fpDrawNormalCI,
fn.ci_sum = fpDrawSummaryCI,
fn.legend,
shapes_gp = fpShapesGp(),
...
)
# S3 method for gforge_forestplot
print(x, ...)
# S3 method for gforge_forestplot
plot(x, y, ...)
# S3 method for grouped_df
forestplot(x, labeltext, mean, lower, upper, legend, is.summary, ...)
| 参数 | 用法 |
|---|---|
| labeltext | 主要是以矩阵或者list形式将数据导入函数，最好以矩阵，因为数据一般都是矩阵的。 |
| mean | 均值 |
| lower | 95%置信区间下限 |
| upper | 95%置信区间上限 |
| align | 每列文字的对齐方式，偶尔会用到。如：align=c("l","c","c") l：左对齐r：右对齐c：居中对齐 |
| is.summary | 主要的功能是让表格的每一行字体出现差异，从而区分表头。其值主要用TRUE/FALSE进行差异化分配。 |
| graph.pos | 定位森林图所在的位置。通过数字来确定为第几列。 |
| hrzl_lines | 以list形式设置表中线条的类型、影响范围。Eg：“3”=gpar(lwd=1,columns=1:4,col=’red’)意思就是第3行的线条，宽度为1，线段延伸至第四列。Col指的颜色。 |
| clip | x轴的最大最小范围 |
| xlab | x轴的标题 |
| zero | 森林图中基准线的位置（无效线的横坐标） |
| graphwidth | 森林图在表中的宽度如：graphwidth = unit(.4,"npc") |
| colgap | 列与列之间的间隙宽度，默认是 6 mm，需要用 unit 的形式 |
| lineheight | 行的高度，可以是数字，也可以是 unit 的形式 |
| line.margin | 行与行之间的间隙的宽度 |
| col | 森林图横线以及点的颜色。box：box（点估计值）的颜色line：穿过方块的横线的颜色zero：中间那条基准线的颜色summary：summary中菱形的颜色hrz_lines：表中第一条横线的颜色eg：col=fpcolors(box=’royblue’,line=’darkblue’, summary=’royblue’, hrz_lines=’red’) |
| txt_gp | 设置表格中文本的格式：用gpar进行赋值，其中cex为文本字体大小，ticks为坐标轴大小，xlab为坐标轴文字字体大小。label：表格主体文字的格式ticks：森林图下方的坐标轴的刻度文字格式xlab：定义的x轴标题格式title：标题文字的格式eg：txt_gp=fpTxtGp(label=gpar(cex=1.25), ticks=gpar(cex=1.1), xlab=gpar(cex = 1.2), title=gpar(cex = 1.2)) |
| xticks | 横坐标刻度根据需要可随意设置，如：xticks = c(0.5, 1,1.5, 2) |
| lwd.xaxis | X轴线宽 |
| lwd.zero | 无效线的宽度 |
| lwd.ci | 置信区间线条的宽度（粗细） |
| lty.ci | 置信区间的线条类型 |
| ci.vertices | 森林图可信区间两端添加小竖线（TRUE） |
| ci.vertices.height | 设置森林图可信区间两端的小竖线高度，默认是10%行高 |
| boxsize | box（点估计值）的大小 |
| mar | 图形页边距，如：mar=unit(rep(1.25, times = 4), "cm") |
| title | 添加标题 |
| legend | 当同时显示多个置信区间时，需要添加图例 |
| new_page | 是否新页 |
| fn.ci_norm | box（点估计值）的形状，默认是方块。如：fn.ci_norm="fpDrawDiamondCI"：box 类型选择钻石 |
参考：forestplot: Draws a forest plot
2. 森林图的绘制
library(forestplot)
rs_forest <- read.csv('demo.csv',header = FALSE)
rs_forest
# V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7
# 1 Group Case/Control p OR(95%CI) NA NA NA
# 2 Age NA NA NA
# 3 <50 127/211 2.43E-11 4.24(2.84~6.66) 4.24 2.84 6.66
# 4 50-59 115/244 4.14E-12 5.48(3.5~9.2) 5.48 3.50 9.20
# 5 >=60 132/237 1.25E-08 2.74(1.96~3.93) 2.74 1.96 3.93
# 6 Sex NA NA NA
# 7 Male 323/318 1.00E-15 3.46(2.71~4.5) 3.46 2.71 4.50
# 8 Female 51/374 3.14E-09 4.21(2.69~7.01) 4.21 2.69 7.01
# 9 Smoking NA NA NA
# 10 Yes 122/171 2.06E-07 2.56(1.82~3.71) 2.56 1.82 3.71
# 11 No 252/521 1.00E-15 4.16(3.17~5.59) 4.16 3.17 5.59
# 12 Hypertension NA NA NA
# 13 Yes 193/207 3.31E-12 3.14(2.31~4.4) 3.14 2.31 4.40
# 14 No 181/485 1.00E-15 3.96(2.95~5.45) 3.96 2.95 5.45
# 15 Drinking NA NA NA
# 16 Yes 83/111 2.44E-04 2.42(1.55~4.01) 2.42 1.55 4.01
# 17 No 291/581 1.00E-15 3.83(3.01~4.96) 3.83 3.01 4.96
演示数据集demo的格式
forestplot(labeltext = as.matrix(rs_forest[,c(1:4)]),
mean = rs_forest$V5,
lower = rs_forest$V6,
upper = rs_forest$V7,
is.summary=c(T,T,F,F,F,T,F,F,T,F,F,T,F,F,T,F,F),
zero = 1,
boxsize = 0.5,
lineheight = unit(6,'mm'),
graphwidth = unit(35,'mm'),
colgap = unit(2,'mm'),
lwd.zero = 2,
lwd.ci = 2,
col=fpColors(box='#ef233c',summary="#9e2a2b",lines = 'blue1',zero = 'grey'),
xlab="Odds Ratio",
lwd.xaxis=2,
lty.ci = "solid", ci.vertices.height = 0.15,clip=c(1,13),xticks.digits = 6,
graph.pos = 4)
forestplot(labeltext = as.matrix(rs_forest[,c(1:4)]),
mean = rs_forest$V5,
lower = rs_forest$V6,
upper = rs_forest$V7,
is.summary=c(T,T,F,F,F,T,F,F,T,F,F,T,F,F,T,F,F),
graph.pos=4, #为Pvalue箱线图所在的位置
#定义标题
title="Hazard Ratio Plot",
##定义x轴
xlab=" <---PCI Better--- ---Medical Therapy Better--->",
##根据亚组的位置，设置线型，宽度造成“区块感”
#hrzl_lines=list("2" = gpar(lwd=1, lineend="butt", columns=c(1:5),col="#99999922"),
# "18" = gpar(lwd=1, lineend="butt", columns=c(1:5),col="#99999922")),
#fpTxtGp函数中的cex参数设置各个组件的大小
txt_gp=fpTxtGp(label=gpar(cex=1.25),
ticks=gpar(cex=1.1),
xlab=gpar(cex = 1.2),
title=gpar(cex = 1.2)),
##fpColors函数设置颜色
col=fpColors(box="#1c61b6", lines="#1c61b6", zero = "gray50"),
#箱线图中基准线的位置
zero=1,
cex=0.9, lineheight = "auto",
colgap=unit(8,"mm"),
#箱子大小，线的宽度
lwd.ci=2, boxsize=0.5,
#箱线图两端添加小竖线，高度
ci.vertices=TRUE, ci.vertices.height = 0.4)
3. 森林图结果解读
（1）森林图中横短线与中线相交表示无统计学意义；
（2）95% CI上下限均>1，即在森林图中，其95% CI横线不与无效竖线相交，且该横线落在无效线右侧时，说明该指标大于竖线代表的结局；
（3）95% CI上下限均＜1，即在森林图中，其95% CI横线不与无效竖线相交，且该横线落在无效线左侧时，说明该指标小于于竖线代表的结局。
