生物信息分析

报错:Error: ncbi::objects::CSeq_id

2023-12-05  本文已影响0人  笺牒九州的怪咖

遇到一个报错,困扰了很久,报错信息如下:

image.png

重点还是:

Error: ncbi::objects::CSeq_id::x_Init() - Unsupported ID type

原命令:makeblastdb -in all.pep -dbtype prot -parse_seqids -hash_index

其实在这一版之前,还有一版是用原来NCBI下载的数据,ID中有“|”符号,也出现了如上的报错,所以人为地把ID直接修改成了“.”,依然出现报错。

困惑了两天之后,发现不是输入文件ID的问题。查找一通之后,解决了这个问题~~~
其实只需要删除-parse_seqids这个参数就好啦。 这个参数的解释如下:
【 -parse_seqids #Option to parse seqid for FASTA input if set, for all other input types
seqids are parsed automatically】

把命令改为makeblastdb -in all.pep -dbtype prot -hash_index 再运行命令,就可以啦!!!

参考:https://www.biostars.org/p/370591/#9495887

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