近几年中药已经登上了世界舞台，有很多中医药的老师想发一些关于中药的文章，苦于没思路，所以就给各位老师安排上，这期分享2022年2月发表在 Front Oncol (IF:6.244)的一篇文章关于益气化瘀汤诱导胃癌铁死亡的网络药理学研究及实验验证。 

摘    要

目的：通过网络药理学和实验验证，探讨益气化瘀汤 (YQHY) 诱导胃癌(GC) 铁死亡的机制。

方法：从数据库中提取YQHY靶标、铁死亡相关靶标和GC相关靶标。通过蛋白质相互作用(PPI)网络，确定了YQHY在GC中诱导铁死亡的枢纽靶点。此外，利用(GO)富集和KEGG富集方法，从宏观角度对中心目标进行分析。我们通过分子对接、GEPIA、HPA和cBioPortal数据库验证了中心目标。最后，我们通过细胞活力测定、实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)、western blotting、脂质过氧化和GSH测定来探讨YQHY诱导GC 铁死亡的机制。

结果：鉴定出槲皮素、DIBP、DBP、Mipax、Phaseol、TP53、ATM、SMAD4、PTGS2、ACSL4等主要活性成分和中心靶点。KEGG富集分析提示JAK2-STAT3信号通路可能是一个重要信号通路。分子对接结果表明，主要活性化合物与中心靶点具有良好的结合活性。实验结果表明，YQHY可通过增加MDA含量、降低GSH含量诱导AGS 铁死亡。qRT-PCR和Western blot结果显示，YQHY可通过影响JAK2-STAT3通路和ACSL4的表达来诱导GC 铁死亡。

结论：本研究表明，YQHY可通过影响JAK2 STAT3通路和ACSL4的表达，诱导GC 铁死亡，YQHY抗GC复发和转移的可能机制之一可能是YQHY诱导GC 铁死亡。

生信分析流程

我们从文章中提取生信分析流程，文章通过网络药理学和实验验证，探讨益气化瘀汤诱导胃癌(GC) 铁死亡的机制。看下文章中使用的数据集和生信分析方法，如下：

相关数据准备

数据集选择：TCGA-STAD

    基因集选择：

数据库选择：HPA database (https://www.proteinatlas.org/)

PubChem database (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)

FerrDB  database (http://www.zhounan.org/ferrdb/)

DisGeNET, GeneCards, and OMIM databases

PDB database

GEPIA database

生信分析方法

我们从文章的分析流程中提取所有的分析内容，整理出来就10个分析条目，构成了整个文章，生信分析+简单实验验证，发了6+，点击分析条码就会跳转到对应公众号的教程，跟着教程做，您也能发6+，如下：

1. 构建YQHY化合物-目标网络

2. 构建PPI网络筛选出YQHY诱导GC铁死亡的关键靶点

3. 利用GO和KEGG富集分析出关键的信号通路JAK2-STAT3信号通路

4. 分子对接分析主要活性化合物和中枢靶点的结合

5. 关键靶基因差异表达分析

6. 关键靶基因生存分析

7. 关键靶基因在不同肿瘤分析中的表达量

8. HPA数据库中的关键基因蛋白表达水平

9. 关键靶基因在TCGA突变分布图

10. 细胞实验验证

研究结果

1. 构建YQHY化合物-目标网络

YQHY的活性成分来源于TCMSP数据库。为了更好地筛选YQHY、OB≥30%(15)和DL的活性化合物≥0.05(16)为本文筛选条件。最终共得到360个活性化合物。

2. 构建PPI网络，筛选出YQHY诱导GC铁死亡的关键靶点（TP53、ATM、SMAD4、PTGS2和ACSL4）

3. 利用GO和KEGG富集分析出关键的信号通路JAK2-STAT3信号通路

4. 分子对接分析主要活性化合物和中枢靶点的结合

5. 关键靶基因差异表达分析

6. 关键靶基因生存分析

7. 关键靶基因在不同肿瘤分析中的表达量

8. HPA数据库中的关键基因蛋白表达水平

9. 关键靶基因在TCGA突变分布图

结果显示64%患者中存在5个关键基因的基因突变，并对5个关键基因的遗传变异概况和不同类型GC中基因突变的数量进行了分析。

10. 细胞实验验证

验证YQHY通过关键基因ACSL4和关键信号通路JAK2、STAT3诱导GC细胞铁死亡。结果表明YQHY抑制胃癌细胞生长；且YQHY诱导胃癌细胞铁死亡，表现为MDA上调，GSH下调，YQHY能够逆转铁死亡抑制剂liproxstatin-1的抑制作用。

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