生信分析 8+ miRNA与表观遗传

miRNA作为前几年最火热的研究对象，早已经被lncRNA所取代，热度已经大不如前。纯生物信息研究miRNA的文章现如今也越来越少，但是作为非编码RNA的一员，研究miRNA永远不过时。表观遗传和miRNA能碰撞出什么样的火花？且看今天这篇文章如何利用纯生信做到8+水平。

文章十二月份发表在BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS（IF:8.99）。

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表观遗传调控的基因表达谱揭示了四种在结直肠癌中具有预后和治疗意义分子亚型

一、摘要：

由表观遗传机制引起的转录调控的解除在结直肠癌的异质性进展中起着至关重要的作用。在此，作者首先证明了DNA甲基化相关（METcor）和microRNA（miRNA）相关（MIRcor）基因异常的频率是显著的共同调节的。接下来，通过对METcor和MIRcor基因表达谱的整合聚类，从肿瘤基因组图谱中识别和刻画CRC患者的4个分子亚型，然后在4个独立的数据集中进行验证。

二、材料方法：

TCGA 结直肠癌DNA甲基化数据，miRNA表达，mRNA表达，体细胞突变，CNV，临床信息。GEO四套具有预后信息的数据。

皮尔森相关，差异分析，ssGSEA，通路富集，免疫细胞丰度。

三、结果：

1.METcor 基因和MIRcor基因分析

图1.结直肠癌METcor与MIRcor基因的识别

2.综合聚类识别四个亚型

图2.利用METcor与MIRcor基因识别结直肠癌亚型

3.GEO数据集验证结直肠癌亚型

图3.GEO数据集验证结直肠癌亚型预后显著性

4.结直肠癌亚型与临床特征以及已有亚型的关系

图4.TCGA与GEO亚型临床特征

5.结直肠癌亚型与DNA甲基化，miRNA表达，CNV，突变以及新抗原相关性

图5.结直肠癌亚型基因组和表观遗传特征

6.结直肠癌亚型与生物学过程相关性

图6.结直肠癌亚型相关生物学过程

7.结直肠癌亚型与免疫浸润相关性

图7.结直肠癌亚型免疫浸润特征

8.结直肠癌亚型与辅助化疗，靶向治疗和免疫治疗疗效相关性

图8.结直肠癌亚型ACT，靶向治疗和免疫治疗疗效评价

总结：

这篇文章往简单了说，就是利用基因对样本进行聚类。但是利用公共数据，不加任何实验做到8分的水平，必然有其过人之处。一是聚类分析更完备，可信度更高，二是后续的刻画更全面，更细致。文章内容非常丰富，所识别的亚型具有重要临床指导意义。

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