2021-11-06 在monocle2的图中展示某单个基因的表
2021-11-06 本文已影响0人
kke_wang
在某篇文献里面看到这样的图片，想在自己的图里也展示一些marker基因的表达
去monocle的官网上查了一圈，都没有看到此功能
- 因此，决定自己画一下
- 首先，我们需要分析一下monocle的原理，看看它是利用怎样的数据来绘制的图
- 然后我们再根据需要的数据来自己把这样的数据组装起来，最后把做好的数据传进monocle接口
exprData <- cds@assayData$exprs
exprData <- LogNormalize(exprData) #对数据normaliza一下，会比较显著，记得引用seurat包
cds$Postn <- exprData["Postn",] #输入想看的基因，cds是monocle的对象
p<-plot_cell_trajectory(cds, color_by = "Postn",cell_size=1,show_backbone=TRUE)
p + scale_color_viridis_c() #为了让颜色好看
