36策

现在才觉得在简书记笔记是非常方便的一件事情，之前记的东西都在本子上了，嘤嘤嘤，如果没有时间和机会的话，前面应该就不更新了~小伙伴有需求的话可以去看解螺旋

19. 等量齐观：
    直接作用机制

• 蛋白结合 DNA ：转录因子。
  转录因子的特征是具有 DNA 结合的结 构域，能识别启动子 DNA 序列的 motif。
• 蛋白与蛋白：激酶催化底物是蛋白-蛋白结合，多个蛋白形成复合体 也是蛋白-蛋白结合，受体与配体、抗原抗体反应还是蛋白-蛋白结合。
• RNA 与 RNA，或者 RNA 与 DNA 的交互：模式是核酸之间的互补结合，这 种搭配的主变量是现在流行的非编码 RNA。
• 当主变量是 lncRNA 的时候还有一种经典分子机制模式，就是 lncRNA 结合 蛋白——RNA-蛋白相互作用。
• 竞争性内源 RNA：当一个 miRNA 同时结合 2 个靶基因的时候，这两 个靶基因是存在一种竞争关系的，因为同一时间与 miRNA 配对的只能是一条，有你没 我，这样的调控模式叫竞争性内源 RNA。mirna结合是靶基因的rna
• 分子伴侣

20. 左右逢源
    主变量是蛋白时挖掘直接机制可以分为三条路径：第一条，这个蛋白是转录因子，有已知的 DNA 结合结构域，那就落入蛋白与启动子 DNA 相互作用的模式，是荧光素酶报告基因、 ChIP 那一套东西。如果不是转录因子，第二种就找蛋白-蛋白相互作用。最后第三种，其他。

• co-IP 是形成 proteinAbeads+靶蛋白抗体+靶蛋白+结合蛋白的 免疫共沉淀复合物，再以 SDS-PAGE 胶分离蛋白，用 Western blot 进行蛋白检测。当我们不 知道结合蛋白是什么的时候，就把 IP 沉淀下来的复合物送去质谱鉴定，通常我们称作 IP质谱。分析结果回来，对于可能结合的蛋白进行验证，需要设计正反双向拉的两个 co-IP 实 验。（用 A 的抗体做 IP 拉下来沉淀， 然后用 B 的抗体做 Western 检测。再反过来换成 B 的抗体做 IP，用 A 的抗体做 Western 检 测，需要来回正反验证。）（沉淀完的蛋白样品就称为Input。用于沉淀靶蛋白的抗体叫IP抗体，文章里IP后面标的名字是告诉你用了什么蛋白抗体包被 beads去拉的。IB是指用什么抗体去检测沉淀下来的蛋白。）
• pull-down 是将目的蛋白固定在一种基质材料上，当细胞裂解液经过该基质的时候与固 定在载体上的蛋白发生相互作用的蛋白被吸附，而没有被吸附的杂质洗脱流出，相当于层析 技术，结合的蛋白后面用溶液再洗下来就可以 western 检测了。

21. 蝶使蜂媒

主变量-miRNA-编码基因三元之间有3组Rescue设计，主变量和miRNA回复，主变量与编码基因回复，以及miRNA与编码基因回复。因ceRNA论证较为繁复，一般省略没有主变量参与的miRNA与编码基因的回复验证，另外两组作为必要的研究内容。

22. 移花接木
    lncrna的作用方式：

• DNA 的甲基化
• 转录过程对蛋白的招募和抑制
• lncRNA 转录出来也可以直接结合旁边的 DNA 序列，结合了能抑制转录。
• lncRNA 也可以影响转录复合物以及 RNA 聚合酶的催化活性
• 转录还需要染色质结构的解开才能进行，影响染色 质结构的组蛋白修饰包括甲基化、乙酰化，都有 lncRNA 的参与，影响了这些组蛋白修饰 环节一样可以调节转录
• ，lncRNA 可以影响 mRNA 的前体加工成熟的过 程
• mRNA 转运是一套标准流程，这套流程能被 lncRNA 调控
• 影响 mRNA 稳定性：mRNA 的稳 定性同样受到 lncRNA 调节，lncRNA 可以结合 mRNA 的 3’UTR 诱导 mRNA 降解，很像 miRNA，miRNA 就是在这个步骤起作用。lncRNA 还可以结合蛋白，再靶向结合 mRNA 的序列，促进 mRNA 的稳定性。
• lncRNA 可以结合 mRNA 的 5’UTR，非翻译区，促进翻译过程。 它也可以结合特定的蛋白，然后靶向 mRNA 抑制翻译
• 调控蛋白翻译后修饰
• lncRNA 还能调节蛋白的细胞定 位，定位也会影响功能