getGEO exprs读取 行名缺失【已解决】

【问题】

library(GEOquery)

Gset = getGEO('GSE2034',destdir = ".", GSEMatrix =TRUE)#文件夹中有会直接读入

a=Gset[[1]]

dat=exprs(a)

pd=pData(a)

跑出来↓

Found 1 file(s)

GSE2034_series_matrix.txt.gz

Using locally cached version: ./GSE2034_series_matrix.txt.gz

─ Column specification ─────────────────────────────────

cols(

  .default = col_double(),

  ID_REF = col_character()

)

ℹ Use `spec()` for the full column specifications.

↓ 

问题

可以看到行名probe 没有出来。。。

【解决方法】加上getGPL = FALSE

Gset = getGEO('GSE2034',destdir = ".", GSEMatrix =TRUE, getGPL = FALSE)

Found 1 file(s)

GSE2034_series_matrix.txt.gz

Using locally cached version: ./GSE2034_series_matrix.txt.gz

─ Column specification ─────────────────────────────────

cols(

  .default = col_double(),

  ID_REF = col_character()

)

ℹ Use `spec()` for the full column specifications.

|=============================================================================| 100% 35 MB

还是会有提醒，但是probe name已经出来了。至于GPL可以另外下载哦。

问题解决

【参考资料】https://www.biostars.org/p/396021/ （Kevin老师yyds