2021-08-21 细观pri-miRNA加工

  对于从事RNA，尤其是非编码RNA（non-coding RNA，ncRNA）研究的人而言，miRNA的生物生成与功能主要包括：（1）转录生成pri-miRNA；（2）DROSHA在核内切割pri-miRNA，产生pre-miRNA；（3）pre-miRNA在Exportin-5的转运下进入细胞质，在DICER的切割下形成miRNA duplex；（4）miRNA duplex加载到AGO中，形成RISC复合体，发挥生物学功能。但生命的独特之处就在于其非单一性，以miRNA为例，miR-451的加工就只需要DROSHA和AGO，不需要DICER。因此，为例根据精细评估miRNA的pri-miRNA加工，研究者建立体外DROSHA加工与测序方法，定量分析DROSHA在pri-miRNA上的切割位点与效率。

三言两语
1.体外合成125bp 的pri-miRNA，经过T7 RNA聚合酶体外转录后，使用纯化的DROSHA/DGCR8复合体进行体外切割，对切割产物进行小RNA测序，通过测序结果确定切割产物RNA的末端，进而可以评估DROSHA在pri-miRNA上的切割位点。
2.结果表明在评估的1881个miRNA中，仅758个miRNA是DROSHA依赖的，还存在大量的非DROSHA依赖的miRNA加工方式。此外也发现一些DROSHA的切割位点存在显著的差异：一些pri-miRNA上的DROSHA切割位点很特异；一些pri-miRNA上存在多个DROSHA切割位点；并且在一些pri-miRNA上DROSHA仅产生切口（仅切割一侧的RNA）；部分pri-miRNA上的DROSHA甚至与传统的位点相反（更靠近pri-miRNA的3‘端）。
3.SRSF3作为DROSHA/DGCR8复合体的共调控因子，参与对pri-miRNAde 的加工。

Reference
Kim, K. et al. A quantitative map of human primary microRNA processing sites. Mol Cell (2021).