在linux中构建基因进化树

首先利用muscle进行多序列比对：“muscle -in 序列文件.fasta -out 输出的比对结果文件.fasta”。

再利用raxml进行进化树构建：“/pub/anaconda3/bin/raxmlHPC-PTHREADS -m PROTGAMMAJTT -f a -p 123 -x 123 -# 100 -n out -s 多序列比对结果文件.fasta 1>tree.log 2>tree.err”。

raxmlHPC-PTHREADS是多线程版本的raxml

-m PROTGAMMAJTT     -m是指定模型，GAMMAJTT是氨基酸模型。

-f a    用一种快速的bootstrap方法构树

-p 123    随机数种子

-x 123     快速bootstrap分析的随机数种子

-# 100     做100次bootstrap分析

-n out      指定输出文件后缀out

-s 多序列比对结果文件.fasta      指定输入的多序列比对文件

1>tree.log 2>tree.err       保存日志和标准错误输出

输出文件：

RAxML_info.out   日志信息

RAxML_bootstrap.out   每次bootstrap分析建出来的进化树结构，共100次分析，故文件中包含100个进化树。

RAxML_bestTree.out   最终选择的最佳进化树。

RAxML_bipartitions.out    加入了自展值的进化树，自展值标在小括号外面。

RAxML_bipartitionsBranchLabels.out    与RAxML_bipartitions.out一样，只不过自展值标在方括号内，一般选择该文件进行后续进化树美化，要在mega中打开的话需要将out后缀改为nwk。