如何做Genome survey，2018.11.8

网上有很多其他做survey的教程，有的还很详细，但大多都很老了，感觉对现在来说并不适用，所以总结出我觉得现在比较好的一个方法吧。

总共只需两个软件 jellyfish和Genome scope

一般二代测50X的数据，得到下机数据后（两个fq文件）

1. 先用jellyfish得到kmer频率的数据，一个histo文件（网上有很多jellyfish的使用教程）

2. 再用Genome scope 输入jellyfish输出的kmer数据，输出kmer分布图（如下图），基因组大小（len）、杂合度（het）、重复序列比例（1-uniq）等信息。