如何做Genome survey,2018.11.8
2018-11-08 本文已影响0人
bettermaan
网上有很多其他做survey的教程,有的还很详细,但大多都很老了,感觉对现在来说并不适用,所以总结出我觉得现在比较好的一个方法吧。
总共只需两个软件 jellyfish和Genome scope
一般二代测50X的数据,得到下机数据后(两个fq文件)
1. 先用jellyfish得到kmer频率的数据,一个histo文件(网上有很多jellyfish的使用教程)
2. 再用Genome scope 输入jellyfish输出的kmer数据,输出kmer分布图(如下图),基因组大小(len)、杂合度(het)、重复序列比例(1-uniq)等信息。