method:

1、序列的搜集

2、系统发育分析和共线性

3、选择压力分析

4、功能分化分析（Ⅰ型，Ⅱ型），用的软件为DIVERGE.

5、荧光素酶活实验

6、WB实验

7、胚胎发育时期的原位杂交

8、MO的knockdown实验

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conclusion：

本论文对斑马鱼NAMPT基因家族的两个基因进行了研究，具体情况是，这两个基因在鱼类中存在两个拷贝A 和 Ｂ，然而在四足类和哺乳类等中，只存在一个Ａ，本论文，通过各种分析和实验手段，揭示：Ａ拷贝是在应对氧气条件变化中，发挥主要作用的拷贝，而Ｂ拷贝则承载着辅助的作用。亮点在于对这两个基因进行了细致的各种分析：从基因的系统发育位置，到基因在不同物种中的保守的共线性，对基因在不同物种中的氨基酸位点一致性，以及通过选择压力分析了基因不同位点存在的选择压力。并把这些位点放在预测的蛋白质三维结构上，而实验方面却没有很大的突破，萤光素酶活，WB，原位杂交实验都是普通的流程。对这个基因的表达，位置，不同发育阶段的表达做了一个细致的survey。敲除实验也没有发现明显的拷贝之间的差异。但是好在所有该做的都做了，比较细致。

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启示：

本论文告诉我们，如何做对于特定基因的分析。

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TASK:

搜集这里面的数据，对分析部分做一下重复。重点集中在：

1）系统发育的构建（关注model、不同方法的区别）；

2）选择压力分析（关注几种模式including Branch，site, and Branch-site）

理解三种选择压力（balance、purify、positive selection）

3）了解一下基因分化的分析DIVERGE软件；

4）了解蛋白三维结构预测。以及不同的结构如何解释。

5）共线性的分析方法（见简书上其他人的分享TBtools）