WSL 系统配置
今天,在win10上安装了Ubuntu系统,
1. 如何安装WSL
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在Microsoft Store 搜索 WSL,选择Ubuntu 20.04 LTS 进行安装
安装之后在开始菜单栏点击Ubuntu的图标进行运行
2. 系统配置:
2.1 设置密码
自己设置,记住就好。
2.2 软件安装
不得不说linux的软件安装是最大的坑,之前大多数新手都死在软件安装这里,毕竟太难了,安装一个软件需要先安装十个八个其他软件,让人崩溃。
现在就简单多了,CentOS 用yum
,Ubuntu 用apt
进行软件安装与管理,自动安装必要的依赖软件。此外还有Conda、Docker 等软件也可以更加方便的进行软件管理,这个在之后再提。
如果你看过一些比较旧的教程会看到使用apt-get
进行软件安装与升级,你可以直接将apt-get
的命令替换为apt
的命令。简单来说apt
是apt-get
的升级版,apt
集合了apt-get
、apt-cache
和apt-config
中最常用命令选项的集合,对于新手来说更加友好了。
为了提高apt的访问速度,将apt的软件源更换为国内镜像
打开上面的链接会看到如下介绍:
Ubuntu 的软件源配置文件是 /etc/apt/sources.list。将系统自带的该文件做个备份,将该文件替换为下面内容,即可使用 TUNA 的软件源镜像。
本镜像仅包含 32/64 位 x86 架构处理器的软件包,在 ARM(arm64, armhf)、PowerPC(ppc64el)、RISC-V(riscv64) 和 S390x 等架构的设备上(对应官方源为ports.ubuntu.com)请使用 ubuntu-ports 镜像。
选择你的ubuntu版本: 例如20.04 LTS
,会出来相应的软件库的网址,只需要将他们设置为你的软件源镜像,就可以使用了。
代码如下:
cd /etc/apt/
sudo cp sources.list apt.sources.list.bak #备份系统自带`sources.list`
vi sources.list # 打开`sources.list`文件进行编辑
按i
键进入书写模式,将如下内容替换原文件的内容。然后点击Esc
键推出书写模式,输入:wq
退出vim
编辑器。
# 默认注释了源码镜像以提高 apt update 速度,如有需要可自行取消注释
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
# 预发布软件源,不建议启用
# deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
运行sudo apt update
#更新可用软件列表
之后可以直接用apt install [软件名]
安装软件,非常方便
2.3 设置.bashrc文件,进行个性化设置
每次修改 .bashrc后,使用 source ~/.bashrc(或者 . ~/.bashrc)就可以立刻加载修改后的设置,使之生效。
一般会在.bash_profile文件中显式调用.bashrc。登陆 linux 启动 bash时首先会去读取 ~/.bash_profile文件,这样 ~/.bashrc也就得到执行了,你的个性化设置也就生效了。
vi .bashrc
# 打开.bashrc 文件进行修改
按i
键进入书写模式,
2.3 配置vim
vim是Linux下的文本编辑器,功能非常强大,但需要自己进行配置。这个也是非常难的,对于新手来说,本来没必要了解太多,但在之前使用vim
的过程中发现,vim
默认配置中注释是蓝色的,在黑色背景中,注释根本看不清,这对于新手来说非常不友好,代码看不懂,注释看不见。没法玩了。
vim
的配置保存在个人主目录的.vimrc
文件中。新手没有配置过vim,应该是没有.vimrc
的,需要新建一个。
cd ~ #跳到个人主目录
touch .vimrc #创建.vimrc文件
vi .vimrc
按i
键进入书写模式,将如下内容复制到.vimrc
文件中,然后点击Esc
键推出书写模式,输入:wq
退出vim
编辑器。
"一般设定
"""""""""""""
" 设定默认解码
set fenc=utf-8
set fencs=utf-8,usc-bom,euc-jp,gb18030,gbk,gb2312,cp936
" 不要使用vi的键盘模式,而是vim自己的
set nocompatible
" history文件中需要记录的行数
set history=500
" 在处理未保存或只读文件的时候,弹出确认
set confirm
" 与windows共享剪贴板
set clipboard+=unnamed
" 可以在buffer的任何地方使用鼠标(类似office中在工作区双击鼠标定位)
set mouse=a
set selection=exclusive
set selectmode=mouse,key
" 侦测文件类型
filetype on
"显示风格
"""""""""""
"语法高亮显示
syntax on
"修改注释颜色
highlight Comment ctermfg=Cyan
"高亮显示当前
set cursorline
"启用行号
set number
"Tab键的宽度
set tabstop=4
"自动缩进
set autoindent
"使用C语言的缩进方式,根据特殊字符如“{”、“}”、“:”和语句是否结束等信息自动调整缩进;在编辑C/C++等类型文件时会自动设定;使用 nocindent 取消设置;
set cindent
set smartindent
"统一缩进为4
set softtabstop=4
set shiftwidth=4
"不要用空格代替制表符
set noexpandtab
" 带有如下符号的单词不要被换行分割
set iskeyword+=_,$,@,%,#,-
" 高亮字符,让其不受100列限制
:highlight OverLength ctermbg=red ctermfg=white guibg=red guifg=white
:match OverLength '\%101v.*'
" 状态行颜色
highlight StatusLine guifg=SlateBlue guibg=Yellow
highlight StatusLineNC guifg=Gray guibg=White
" 文件设置
"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
" 不要备份文件(根据自己需要取舍)
set nobackup
" 不要生成swap文件,当buffer被丢弃的时候隐藏它
setlocal noswapfile
set bufhidden=hide
" 字符间插入的像素行数目
set linespace=0
" 增强模式中的命令行自动完成操作
set wildmenu
" 在状态行上显示光标所在位置的行号和列号
set ruler
set rulerformat=%20(%2*%<%f%=\ %m%r\ %3l\ %c\ %p%%%)
" 命令行(在状态行下)的高度,默认为1,这里是2
set cmdheight=2
" 使回格键(backspace)正常处理indent, eol, start等
set backspace=2
" 允许backspace和光标键跨越行边界
set whichwrap+=<,>,h,l
" 启动的时候不显示那个援助索马里儿童的提示
set shortmess=atI
" 通过使用: commands命令,告诉我们文件的哪一行被改变过
set report=0
" 在被分割的窗口间显示空白,便于阅读
set fillchars=vert:\ ,stl:\ ,stlnc:\
" 搜索和匹配
"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
" 高亮显示匹配的括号
set showmatch
" 匹配括号高亮的时间(单位是十分之一秒)
set matchtime=5
" 在搜索的时候忽略大小写
set ignorecase
" 不要高亮被搜索的句子(phrases)
set nohlsearch
" 在搜索时,输入的词句的逐字符高亮(类似firefox的搜索)
set incsearch
" 输入:set list命令是应该显示些啥?
set listchars=tab:\|\ ,trail:.,extends:>,precedes:<,eol:$
" 光标移动到buffer的顶部和底部时保持3行距离
set scrolloff=3
" 不要闪烁
set novisualbell
在命令行输入 source .vimrc
进行加载脚本,之后的配置就更改了。
2.5 安装R
Ubuntu 下添加CRAN镜像安装r
R语言软件并不在刚才添加的apt
的软件源中,打开 /etc/apt/sources.list
将 CRAN 镜像添加到软件源文件末尾并保存
将如下内容复制粘贴到文件末尾
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/
注意根据你的Ubuntu发行版替换bionic,根据需要的版本号替换cran40。具体帮助参考:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
Xenial Xerus (16.04; LTS)
Bionic Beaver, Focal Fossa (20.04; LTS and amd64 only)
Groovy Gorilla (20.10, amd64 only).
Note, to install R 4.0 packages, a different sources.list entry is needed. See below for details.
然后运行以下代码:
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
# 更新CRAN 需要,其他source 不需要
sudo apt update #更新可用软件列表
sudo apt upgrade
sudo apt install r-base-dev #安装R语言
然后发现报错:
第一个错误提示:r-base-core 安装失败
我直接安装r-base-core 还是报错,发现是libicu60
和libreadline7
无法安装。
用apt search 查看了一下
libicu60
,没有搜到libicu60
,应该是库的问题。image.png
之后搜索了一下,应该是需要
bionic
库再次打开
/etc/apt/sources.list
,将如下内容写入添加到软件源文件并保存
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
#安装libicu60
之后
sudo apt upgrade
sudo apt install r-base-dev #安装R语言
在命令行输入R
,回车。
可以看到R已经安装成功。在命令行输入
q()
,回车,退出R。
2.6 使用conda进行环境管理
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。
例如,配置不同版本python 的使用环境
之前安装R语言遇到的缺少依赖包的问题,也可以用Conda轻松解决,但安装的版本是3.6 不是4.0的。
2.6.1.下载安装conda
在[清华镜像]找到conda包的下载地址[https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/]
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
##下载conda
2.6.2. 安装conda
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2.6.3.导入重要channel
各系统都可以通过修改用户目录下的 .condarc 文件。Windows 用户无法直接创建名为 .condarc 的文件,可先执行 conda config --set show_channel_urls yes 生成该文件之后再修改。
注:由于更新过快难以同步,我们不同步pytorch-nightly, pytorch-nightly-cpu, ignite-nightly这三个包。
vi .condarc
在.condarc文件中添加如下信息,
如果经常使用python,可以将menpo 及pytorch添加到channels 下面
channels:
- defaults
- biocnda
- conda-forge
show_channel_urls: true
default_channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
conda list
# 列出当前 conda 环境所链接的软件包
2.6.4. 创建环境
conda create -n 环境名 -c 镜像源
# 创建一个 conda 环境
conda create -n py2
# 创建一个名为py2的环境,用于使用python2
conda activate py2
#进入py2的环境
conda deactivate
退出当前conda环境
2.6.5. 安装软件
conda install python
#安装python
conda search python
#搜索python
conda install 软件名=版本号
#可以用=指定软件版本
2.7 安装生信软件
sudo apt install ncbi-blast+ # 安装blast+
sudo apt install ncbi-epcr