GWAS分析结果中pvalue/p.ajust为0时如何处理？
2021-05-04 本文已影响0人
生物信息与育种
在GWAS分析的结果中，偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点，这时如果直接做曼哈顿或QQ图，会出错，因为log0无意义。
此时，该如何处理？
如果你用的是Plink1.9来做的GWAS，可加一个参数：
--output-min-p 1e-99，即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99，0也不例外。
如果你用的是其他软件，手动将结果改动。可先用NA填充，再以最小值或更小值替换，如：
dat[dat==0] <- NA
dat[is.na(dat)] <- min(dat$P,na.rm = T)*0.01
为何会出现pvalue为0的时候？好好想想。。。
