安装GATK4

下载安装GATK

# nohup  conda install -y gatk & 
# 一句话就可以解决
# 但是conda 装的都是gatk 3.0版本的。现在已经是4.0了

1566047144794.png

下载GATK4

https://software.broadinstitute.org/gatk/download/

cd ./my_disk/biosoft
nohup wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.3.0/gatk-4.1.3.0.zip &
unzip gatk-4.1.3.0.zip

最后再windows 端下载的，因为wget下载速度很慢

1566049987238.png

解压以后就可以使用

为了方便使用可以配置到环境变量中

echo $PATH 
# 备份，防止出错用
#/home/chenyuqiao/miniconda2/envs/wes/bin:/home/chenyuqiao/.aspera/connect/bin:/home/chenyuqiao/miniconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games
echo export PATH="/home/chenyuqiao/my_disk/biosoft/gatk-4.1.3.0:$PATH" >> ~/.bashrc
source .bashrc

1566050711432.png

完成